总是借着愚人节的理由说一些别人不敢说的话!愚人节快乐!
铁死亡自2012年首次提出后,研究数量一路突飞猛进,2021年又是铁死亡的一个大丰收年,稳居国自然研究热点前列。
其中,铁死亡相关的生信分析类文章又是铁死亡研究的排头兵,发展势头很猛,基于这类文章研究周期较短的优势,每年发表的文章数量也比较多。
近日小编在查阅铁死亡的纯生信文献时发现了一个奇怪现象,鉴于疾病方向、分析内容和结果质量的差异,纯生信文献的分值差异会比较大,大部分集中在3-4分区间,但是在众多期刊中发现1个“Frontiers”系列5+杂志独占鳌头。
这里说的 “独占鳌头”不只是说分数,更是文章接受数量,也就是上面提到的奇怪现象——大量的铁死亡纯生信分析在2021-2022年扎堆发表于Frontiers in Cell and Developmental Biology杂志,这到底是“中奖”还是“踩坑”呢?
带着疑问咱们先来看几个文章示例。
发现这种情况之后小编看了部分近期发表文章的内容,意料之中的是这些稿件的质量参差不齐,我把这些文章归为3大类,先带大家看一下这3类文章的差距在哪里。
第1类:分析思路过于简单
这篇文章使用 GEO2R 工具对来自GEO数据库的 GSE5406数据集进行差异表达分析和铁死亡相关基因的功能注释。
然后,构建了PPI网络,并使用 Cytoscape 确定了中枢Hub基因。
最后通过 cMap数据库筛选靶向hub基因的药理靶点和推荐用于特发性/缺血性心肌病的药物。
文章里的分析方法非常简单和基础,数据量也比较少,这种分析思路是几年前比较常用的思路,放在2022年的话基本是2分左右的水平,但冠上“铁死亡”的名头就投到了这个杂志上。
第2类:常规思路+热点方向
这篇文章从两个在线数据库(zhounan.org/ferrdb 和 autophagy.lu/)获得铁死亡和自噬基因,从CGGA数据库获得RNAseq数据和临床信息。
基于单因素、多因素、lasso和Cox回归分析筛选出预后相关基因,并构建风险模型。
利用ROC曲线分析评估了模型的预测效率,最后,构建列线图以更准确地预测胶质瘤的预后。
这类文章分析方法比第1类复杂一些但还是属于常规思路,数据量比第1类要充实,本身属于3分左右的水平,加上铁死亡和自噬这两个热点的buff加成冲击一下5分还是可以的。
第3类:创新思路+多热点联合
这篇文章基于TCGA数据库和3个GEO数据集对膀胱癌中铁死亡相关基因的转录组学数据进行了综合分析,并确定了与膀胱癌预后密切相关的差异表达的铁死亡相关基因。
基于这些差异基因构建了一个预测风险模型并利用ROC曲线验证了模型的预后准确性。
此外,还进行了体细胞突变数据的分析和GSEA富集分析(功能富集分析和潜在机制通过体外实验进行验证),并且针对来自 TCGA-BLCA 队列的转录谱用于通过 TIMER、quantTIseq、TIP 和 ssGSEA 算法评估肿瘤免疫浸润细胞。
最后,提取临床特征和风险特征以构建预后列线图,使用DCA评估风险模型的临床实用性。
这类文章是真正符合5分+分析思路和满足数据量要求的,分析思路有所创新并且与多热点联合分析(比如铁死亡与肿瘤免疫等),有些文章还会加一点简单验证以增加分析结果的可靠性。
虽然文章质量良莠不齐,但是其实也有规律可循,就是近期发表的有些文章质量出现了滑坡,杂志前两年发表的文章质量还是可以的,也就是说灌水越来越严重了,那它会不会步PLoS One的后尘成为又一大“水刊”呢?
随后小编就去查了一下这个杂志,发现它在2021年12月31日登上了中科院期刊预警名单
所以说,灌水的后果很严重啊,再这么放肆地灌着灌着容易把自己灌没。
对于第1类文章,蹭上了期刊灌水期审稿松懈、分数高的红利,但可能也只是一时的红利,后面如果发展成水刊那么文章的可信度可能就会面临质疑。
如果文章质量与第3类类似或者超出这个水平,那么选刊一定要慎重,避免这类预警杂志,以防竹篮打水一场空。