1、培养方向不同
根据我国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2、考试难度不同
英语课程部分：专硕大部分考英语二，难度较低；考试分数一般专硕比学术低。
3、导师制度不同
专业硕士有两个导师，一个是学术理论指导导师，一个是实践活动指导导师，学术硕士只有前者学术理论指导导师。
4、学费不同
普通硕士按国家规定享受免学费待遇，或者奖学金制度。2014 年后国家取消免学费待遇，但奖学金覆盖面比较广，即使收费，学费一般不高于 8000 元/年，也可以通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费压力。
专业硕士学费较贵，按照不同专业类别差别较大。例如，MBA 的学费要十几甚至几十万元，而其它专业硕士的学费一般为每年 1 万— 10 几万不等，专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款，但也有一定的奖学金制度。
5、学习方式不同
学术硕士是全日制学习，一般学制为 3 年；专业硕士全日制学习一般为 2 – 3 年，半脱产学习一般为 3 年。
6、招生条件不同
学术硕士一般没有工作年限的要求，专业硕士中的工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、旅游管理硕士、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织 以及单独设置考试的，都有相应工作年限的要求。一般专科要求 5 年，本科要求 3 年，硕士要求 2 年。
7、文凭颁发不同
统考的专业硕士和学术型大体一致，都有学历证和学位证，只是专业硕士学位证书编号前有 Z 等字样。
8、招生比例不同