误区1：过时的参考文献
在撰写硕士论文时，参考文献的选择时间必须接近论文的写作时间，而且不能太早。新的参考文献表明，研究内容仍然受到关注。一方面，它增加了论文的真实性。如果中国硕士论文中过时文献的比例较大，则表明论文的内容也相对陈旧和保守。如果论文涉及的问题是国内外正在研究的热点问题，那么近5年的文献引用比例应该很高，这表明作者对同行研究成果的深刻理解和掌握。相对而言，5年内引用的文件越多，价格指数越高，过时的文件越少，这表明论文涉及的问题更接近当前的前沿话题。实验物品的年龄越长，参考值可能越低。因此，一般要求被引用文献的50%-70%应为近5年发表的文献。
写一些别人没有写或很少写的人和事。我们应该从不同的角度提取意见，给人一种清新的感觉。我们应该注意选择新的和独特的参考文献。有些论文选择不新颖，而是使用一些过时的老例子。没有新鲜感和真实感，这些文章似乎没有说服力。
误区二：引用参考文献错误
参考文献的着录格式及标注均有较严格的规定，医学期刊一般采用改良的温哥华格式着录参考文献。近年来发现，一些具有较高学术价值的论文因参考文献着录格式的不规范或引用不当而延期发表或退稿，分析其原因主要有如下几点：
（1）缺少作者名，稿约中明确规定，参考文献中的前3位作者应全部列出，3位以上者只列前3位，后加“等”字或相应的外文。在不少来稿中发现只写1位作者后加“等”的情况，因其他作者无从查证而耽搁了及时发表;
（2）项目残缺不全，有些论文缺少题名(书名)，亦有缺少刊名、年或卷、期及页码等;
（3）正文中未标注参考文献序号，无法证实参考文献的实际用途;
（4）引用不当。未公开发表的观察资料、内部交流资料及涉及保密的资料等均不宜作参考文献。由于内部资料尚未得到公认且不够成熟，其原理、论点、论据及论证尚需修改、变更或充实，又因其发行量很少，读者面窄，无从查考，起不到参考作用。
误区三：参考文献重复
具体表现为参考文献引用不对应，标引参考文献过多，规模庞大，而在文内并不完全使用，或是文内使用很多，文后又不一一标明；或是不按出现顺序排列而颠三倒四使用等。这都是论文完稿后未对参考文献进行认真整理所致。