读文献先读图:火山图怎么看?

火山图(Volcano plot)是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p-value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(代谢物等)。是一种单变量统计分析方法,常应用于研究基因组、转录组、代谢组、蛋白质组等数据分析

火山图怎么看?


①表示数据集编号

②纵坐标是P值,表示某个基因在比较分组之间的表达差异是否足够显著,一般认为p-value<0.05为显著。-log转换之后的值 -log10(p-valus=0.05)约等于1.3。所以纵坐标越往上P值越小

③横坐标为log2FC值即差异倍数值。根据他的差异倍数阈值情况去限定是否有差异,绝对值越大,差异表达越显著

④此图的阈值设置:log2FC的绝对值为0.1

⑤图中每个点代表一个基因,蓝色为显著差异的下调基因,红色为显著差异的上调基因,灰色为差异不显著的基因

⑥线上方表示P-value小于0.05

⑦点越偏离中心,表示差异倍数越大

总之就是横着看基因与对照组的差异,竖着看有无统计学意义

火山图代码

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