大家好，欢迎观看《时空日报》第352期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、人类CD8+ T细胞在炎症和癌症中的综合图谱绘制
Integrative mapping of human CD8+ T cells in inflammation and cancer
Nat Methods; IF: 36.100; DOI: 10.1038/s41592-024-02530-0
内容概要：
① 科研团队开发了一种名为scAtlasVAE的深度学习模型，该模型旨在整合大规模的scRNA-seq数据，并实现跨图谱的比较分析。通过这一创新性的工具，他们构建了一个详尽的人类CD8+ T细胞图谱。这个图谱涵盖了来自68项研究、涉及42种疾病条件的961个样本，共包含1,151,678个细胞，且这些细胞都具备配对的T细胞受体信息。
② 利用scAtlasVAE模型，科研人员深入分析了T细胞受体克隆扩增和共享的信息，成功地将不同的细胞亚型之间建立了联系，并揭示了它们之间的表型和功能转变。值得一提的是，该方法成功识别出了三种独特的耗竭T细胞亚型，并揭示了自身免疫和免疫相关不良事件炎症中复杂的转录组和克隆共享模式。这些发现不仅深化了对CD8+ T细胞多样性的理解，也为进一步的研究提供了宝贵的参考。
③ 此外，scAtlasVAE模型还具有强大的功能，能够自动注释查询scRNA-seq数据集中的CD8+ T细胞亚型。这一特性使得科研人员能够更便捷、更高效地进行无偏倚且可扩展的分析。综上所述，该团队的工作为CD8+ T细胞研究提供了一个全面的单细胞参考图谱和计算框架，有望推动该领域研究的深入发展。
生信工具：CD8+ T细胞，表型多样性，克隆格局，scAtlasVAE，深度学习， T细胞受体，耗竭T细胞亚型，自身免疫，免克隆共享模式，自动注释，无偏倚分析，计算框架，scRNA-seq; Xue Z, Wu L, Tian R, et al.; Department of Rheumatology and Immunology of the Second Affiliated Hospital, and Centre of Biomedical Systems and Informatics of Zhejiang University, University of Edinburgh Institute, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China.
2、玉米细胞异质性和针对琥珀酸银杏的全身免疫反应的单细胞转录组学分析
Single-cell transcriptomic profiling of maize cell heterogeneity and systemic immune responses against Puccinia polysora Underw
Plant Biotechnol J; IF:10.100; DOI: 10.1111/pbi.14519
内容概要：
① 南方玉米锈病是一种由Puccinia polysora Underw（简称P. polysora）引起的严重危害玉米的疾病，导致全球范围内玉米产量显著下降。该病症的主要表现是玉米叶片上表面出现疱斑，这使得科学家们难以深入了解其细胞异质性、玉米对感染的响应机制以及潜在的基因表达调控机制。
② 为了深入解析这些问题，研究人员采用scRNA-seq技术，对玉米对P. polysora感染的响应进行了详细的研究。他们成功描绘了六种叶片细胞类型中细胞类型特异的基因表达变化，并创建了首个在真菌侵染下玉米叶片的单细胞图谱。此外，通过重建易感品系N110和抗病品系R99在感染期间的细胞轨迹，研究人员发现了多种调控程序，这些程序在不同叶片细胞类型中增强了R99的抗病性。
③ 本研究不仅揭示了R99叶片中的一种类似免疫的状态，该状态在没有真菌感染的情况下，保卫细胞和表皮细胞中多种真菌诱导基因的表达，还强调了真菌诱导的糖苷水解酶家族18几丁质酶7蛋白（ZmChit7）在赋予P. polysora抗性中的重要作用。总的来说，这些研究结果通过比较单细胞转录组学，揭示了玉米对真菌病原体的抗性机制，并为进一步寻找增强P. polysora抗性的新基因提供了宝贵的资源和线索。