大家好，欢迎观看《时空日报》第205期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、全皮层原位测序揭示出不同区域特性依赖于输入信号
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-024-07221-6
内容概要：
① 大脑皮层由不同基因表达的神经元类型构成，这些神经元被组织成具有独特细胞结构、连接性和神经元活动的皮层区域，形成模块化网络。然而，这些空间组织是否反映在神经元转录组学特征上及其在发育过程中的建立机制尚不清楚。
② 本研究利用BARseq技术，在细胞水平上检测了104个细胞类型标记基因在大量细胞中的表达，揭示了与先前研究一致的转录组类型，并发现转录组类型组成对皮层区域身份具有高度预测性。
③ 此外，具有相似转录组类型的区域（皮层模块）与高度连接的区域重叠，表明模块化组织在转录组学特征和连接性上均有体现。通过双眼摘除实验，我们发现外周输入对皮层模块内不同区域的转录组特性具有重要影响。
④ BARseq的高通量、低成本和可重复性为揭示全脑分子结构并理解其发展提供了支持。
其他研究：大脑皮层，神经元，高通量原位测序， Barseq，空间转录组学；Chen X, Fischer S, Rue M, et al.; Allen Institute for Brain Science, Seattle, WA, USA.
2、载脂蛋白E在肺β-葡聚糖诱导的炎症适应过程中调控Dectin-1依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞发育
Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation
Nature Immunology; IF: 30.500; DOI: 10.1038/s41590-024-01830-z
内容概要：
① 肺部因持续暴露于外部环境中，所以其免疫反应的适应性对于有效清除病原体至关重要。然而，与肺相关的巨噬细胞如何适应其功能和发育的机制尚未明确。
② 为揭示这些机制，研究者建立了一个经鼻β-葡聚糖暴露的模型，并运用单细胞转录组学、高维成像和流式细胞术多种技术手段研究了肺部巨噬细胞适应的分子机制。
③ 研究发现，肺部低度炎症会促进ApoE依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞（ApoE+CD11b+ AMs）的发育。这些细胞具有特定的分子表达特征和高吞噬能力，并能在刺激下产生大量白细胞介素。此外，ApoE的缺失会影响这些细胞的分化和维持。在体内实验中，β-葡聚糖诱导的ApoE+CD11b+ AMs能减少细菌感染后的细菌负荷，并改善小鼠肺纤维化模型的疾病结局。
④ 这些数据表明ApoE+CD11b+ AMs在肺部适应和增强组织复原力方面发挥重要作用。