大家好，欢迎观看《时空日报》第186期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计3篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、空间分离的巨噬细胞群体预测结肠癌的不同结果
Spatially Segregated Macrophage Populations Predict Distinct Outcomes In Colon Cancer
Cancer Discov; IF: 28.200; DOI: 10.1158/2159-8290.CD-23-1300
内容概要：
① 肿瘤相关的巨噬细胞在转录上有异质性，巨噬细胞的功能会根据其所在的微环境和肿瘤阶段而变化。该研究通过分析scRNA-seq及空间转录组测序数据，结合免疫组化染色和CODEX图像，在正常和恶性人类乳腺和结肠组织中鉴定出五种不同的人类巨噬细胞类群，并揭示了他们的空间分布和细胞关联。
② 该研究表明，这些不同的巨噬细胞群体分布在不同的微环境生态位中，并展现出保守的细胞组成，这种分布模式在健康和疾病组织中重复存在。IL4I1+巨噬细胞在高细胞周转率区域内吞噬死亡细胞，预示着结肠癌的良好预后；相反，SPP1+巨噬细胞富集于缺氧和坏死的肿瘤区域，预示着结肠癌的不良预后。
③ FOLR2+巨噬细胞的一个亚群嵌入在浆细胞生态位，而NLRP3+巨噬细胞与肿瘤中的中性粒细胞共定位，并在其中激活炎症小体。该研究对于了解有限数量的特定人类巨噬细胞生态位在组织构建中的作用有重要意义，通过靶向特定类型的巨噬细胞，可能为结肠癌的治疗提供新的策略。
疾病研究；结肠癌，免疫学，巨噬细胞，肿瘤微环境，空间转录组学，免疫组化染色，scRNA-seq，CODEX; Magdalena Matusiak, John W. Hickey, David G.P. van IJzendoorn, et al. ; Stanford University, Stanford, CA, United States.
2、脉络丛浸润性T细胞的表征揭示了小鼠神经精神性狼疮中的新治疗靶点
Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus
Ann Rheum Dis; IF: 27.400; DOI: 10.1136/ard-2023-224689
内容概要：
① 弥漫性中枢神经系统表现，称为神经精神性狼疮（NPSLE），在20-40％的狼疮患者中观察到，其涉及的复杂机制尚未充分阐明。该研究使用单细胞RNA测序和免疫T细胞受体分析来分析NPSLE小鼠模型，探究脉络丛（ChP）浸润性T细胞在NPSLE中的作用。
② 该研究通过分析单细胞转录组，鉴定出NPSLE小鼠的ChP中存在19个独特的基质和浸润细胞群。T细胞亚群的高分辨率聚类分析显示，多个T细胞亚群表现出增加的疲劳和低氧表达谱。
③ 克隆分析揭示，CD8+ T细胞的克隆CDR3序列与已发表的特异性髓鞘碱性蛋白T细胞受体序列相匹配。基质成纤维细胞可能通过上调VCAM信号通路来驱动T细胞招募。系统性阻断VLA-4配体VCAM显著减少了脉络丛免疫细胞浸润和抑郁表型。该研究详细描述了小鼠NPSLE疾病进展所伴随的动态转录组变化，确定了该疾病的潜在治疗靶点。
疾病研究；免疫学，系统性红斑狼疮，T淋巴细胞亚群，脉冲丛，scRNA-seq; Erica Moore, Sushma Bharrhan, Deepak A Rao, et al. ; Albert Einstein College of Medicine, Louisiana State University Shreveport, Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School, USA.
3、肠道菌群失调在小鼠囊性纤维化相关肝病发病机制中的重要作用
Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice
J Hepatol; IF: 25.700; DOI: 10.1016/j.jhep.2024.03.041
内容概要：
① 囊性纤维化相关肝病（CFLD）是一种慢性胆管病，会增加囊性纤维化患者的发病率和死亡率，但对CFLD发病机制尚不清楚，这也限制了治疗方法的选择。该研究通过免疫组织化学、scRNA-seq以及蛋白组芯片分析等方法探究了肠-肝轴在CFLD发病机制中的作用。
② 该研究对门静脉周围区域细胞的scRNA-seq数据分析发现，全身CFTR基因敲除（CFTR-KO）小鼠的肝脏中中性粒细胞、巨噬细胞和T细胞增多，并且炎症介质和病原体介导的免疫通路被激活，与对肠道来源刺激的反应一致。CFTR-KO小鼠表现出肠道菌群失调，Enterobacteriaceae和Enterococcus spp.富集，增加肠道通透性，进而导致肝脏炎症和胆管增生，而肠道修复（CFTR-KO-GC）小鼠中没有显著的病理变化。
③ 该研究通过非吸收性抗生素治疗改善了CFTR-KO小鼠的肠道通透性和肝脏炎症，表明调节肠道微生物群可能是预防或缓解CFLD的有效策略。