大家好，欢迎观看《时空日报》第181期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、Starfysh整合空间转录组和组织学数据，揭示异质性肿瘤免疫中心
Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs
Nature Biotechnology; IF: 46.900; DOI: 10.1038/s41587-024-02173-8
内容概要：
① 空间分辨率基因表达谱分析提供了组织结构和细胞间相互作用的洞察力；然而基于测序的空间转录组学（ST）缺乏单细胞分辨率。研究开发一个新计算工具Starfysh，利用深度生成模型和原型分析，结合已知的细胞类型标记，在没有单细胞参考的情况下表征已知或新颖的组织特异性细胞状态。
② Starfysh利用组织学图像改进了复杂组织的空间动力学特征，并使龛位作为跨组织的空间枢纽的比较成为可能。
③ 该研究通过Starfysh对雌激素受体(ER)阳性乳腺癌，三阴性乳腺癌(TNBC)和化生性乳腺癌(MBC)组织的综合分析，确定了具有患者和疾病特异性细胞类型组成的空间枢纽，并揭示了代谢重编程在侵袭性MBC中塑造免疫抑制中心。
生信工具；Starfysh，乳腺癌，TNBC，MBC，空间转录组学；Friend LE, Lao YH, Jin Y, Azizi E, Rohde M, et al. ; Columbia University; USA.
2、人类造血祖细胞的免疫表型耦联转录组图谱
An immunophenotype-coupled transcriptomic atlas of human hematopoietic progenitors
Nature Immunology; IF: 30.500; DOI: 10.1038/s41590-024-01782-4
内容概要：
① 单细胞多模式方法正在改变人类造血祖细胞区的分析。通过细胞转录组和表位的序列索引（CITE-seq），可以实现耦合表面蛋白和转录组分析，从而揭示了构成祖细胞状态的基因组程序。
② 为了在原始人类骨髓细胞上系统地执行CITE-seq，研究使用了266个CITE-seq抗体（抗体衍生标签）的滴定，并使用机器学习对132种抗体进行优化。
③ 这个数据集为基于计算机预测的细胞状态提供了流式细胞术解决方案，并确定了跨种族和跨性别的捐赠者中一致检测到的数十个细胞表面标记。最后，通过对这个图谱的注释，研究推荐了在临床应答上不同的急性髓系白血病干细胞群体的正常骨髓当量。这个图谱作为人类健康和疾病中造血祖细胞分析的先进数字资源。