大家好，欢迎观看《时空日报》第176期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、单细胞多组学的整合分析揭示前列腺癌的异质性
Integration analysis of single-cell multi-omics reveals prostate cancer heterogeneity
Advanced Science ; IF: 15.100; DOI: 10.1002/advs.202305724
内容概要：
① 前列腺癌（prostate cancer，PCa）是一种广泛的异质性疾病，在肿瘤微环境（tumor microenvironment，TME）中具有复杂的细胞生态系统。然而，肿瘤和基质细胞如何塑造异质性仍然不清楚。
② 该研究结合scRNA-seq、空间转录组学和bulk ATAC-seq技术，分析了PCa患者及其健康对照组，鉴定了一个标记有SOX9 AR表达的干细胞亚群，这个亚群在新辅助雄激素剥夺治疗（androgen-deprivation therapy，ADT）后显著富集。此外，在恶性PCa患者中，一种作为效应T细胞的CD8 CXCR6 T细胞亚群显著减少。
③ 对于空间转录组分析，全面利用机器学习和计算智能可以识别前列腺癌细胞的细胞多样性和细胞间通讯。此外，还研究了巨噬细胞和中性粒细胞在癌症进展轨迹上的状态转换。最后，发现晚期PCa中的免疫抑制微环境与调节性T细胞（regulatory T cells，Tregs）的浸润有关，可能是由FAP+ 成纤维细胞亚群引起的。
④ 总之，该研究在单细胞分辨率下描绘了阶段特异性PCa微环境的细胞异质性，揭示了它们与疾病进展的相互作用，将有助于促进PCa的诊断和治疗。
疾病研究；前列腺癌，肿瘤微环境，肿瘤异质性，scRNA-seq，空间转录组；Xiaojie Bian, Wenfeng Wang, Mierxiati Abudurexiti, Yao Zhu, Min Zhang, Dingwei Ye, Jianhua Wang; 复旦大学，上海交通大学医学院；中国.
2、基底上皮亚群是三阴性乳腺癌化疗抗性的基础和预测因素
Basal-epithelial subpopulations underlie and predict chemotherapy resistance in triple-negative breast cancer
EMBO Molecular Medicine; IF: 11.100; DOI: 10.1038/s44321-024-00050-0
内容概要：
① 三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer，TNBC）是最具侵袭性的乳腺癌亚型，其特征为广泛的肿瘤内异质性、高转移率和化疗抗性，导致临床预后不良。尽管目前的相关研究已取得了进展，但这些侵袭性行为的机制基础仍不清楚。
② 通过单细胞和空间转录组分析，研究发现位于基质内的基底上皮细胞亚群表现出化疗抗性特征。这些亚群由不同的特征基因定义，这些特征基因显示出频繁的拷贝数增加，并表现出激活的上皮-间充质转化程序。其中一部分基因可以准确预测化疗反应，并与不良预后相关。
③ 有趣的是，在这些基因中，升高的ITGB1参与增强细胞间信号传递，而ACTN1则赋予生存优势以促进化疗抗性。此外，通过将转录标志物进行药物再利用分析，研究发现了治疗前和治疗后化疗抗性肿瘤可能从不同的抑制剂中获益。
④ 这些发现揭示了化疗抗性的机制基础，同时提供了最佳的生物标志物来预测化疗反应和改善对化疗抗性的TNBC患者的替代治疗途径。