大家好，欢迎观看《时空日报》第152期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计3篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、人类扁桃体细胞图谱
An atlas of cells in the human tonsil
Immunity; IF:32.400; DOI: 10.1016/j.immuni.2024.01.006
内容概要：
① 腭扁桃体作为一种次级淋巴器官（secondary lymphoid organs，SLO），是抵御吸入或摄入病原体的第一道免疫防线。该研究绘制了一个人类扁桃体图谱，该图谱由超过556,000个细胞组成，采用了五种不同的数据模式，包括单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组和免疫复合物测序以及空间转录组学。
② 研究通过该图谱确定了121种细胞类型和状态，定义了发育轨迹，并了解了扁桃体的功能单元。对验证队列的分析证实了扁桃体细胞类型的存在、注释和标记，并提供了与年龄相关的组成变化的证据。
③ 最后，研究对B细胞衍生的套细胞淋巴瘤（B cell-derived mantle cell lymphomas）进行了注释，将转录异质性与人类扁桃体的正常B细胞分化状态联系起来，从而证明了这一资源的价值。
生长发育；人类，扁桃体，细胞类型，单细胞多组学，空间转录组；Ramon Massoni-Badosa, Sergio Aguilar-Ferna´ndez, Juan C. Nieto, Paula Soler-Vila, Jose´ Ignacio Martin-Subero, Holger Heyn; Centro Nacional de Ana´lisis Geno´mico (CNAG), Institut d’Investigacions Biome`diques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Universitat de Barcelona, Universitat Pompeu Fabra (UPF), Institucio´ Catalana de Recerca i Estudis Avanc¸ats (ICREA); Spain.
2、黏液产生程序促进经典的胰腺导管腺癌进展
A mucus production programme promotes classical pancreatic ductal adenocarcinoma
Gut; IF:24.500; DOI: 10.1136/gutjnl-2023-329839
内容概要：
① 肿瘤患者的最佳治疗反应在很大程度上取决于肿瘤的分化状态。胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDA）是一种致命性癌症，具有不同的表型亚型，对标准治疗具有优先敏感性。该研究探讨了PDA肿瘤内癌细胞状态的异质性和可塑性，揭示了细胞状态的特异性调节。
② 通过分析小鼠PDA的单细胞表达谱，研究揭示了肿瘤内异质性和细胞可塑性，并确定了在不同细胞状态下激活的通路。研究进一步对小鼠和人类的表达状态进行了比较分析，并通过免疫标记证实了它们在样本中的表型多样性。
③ 表达分析和免疫标记分析表明，转录因子SPDEF调节的粘液产生程序在癌前病变和典型的PDA亚型（最常见的分化状态）中高度活跃。SPDEF保持了经典分化，并支持体内PDA转化。SPDEF的促肿瘤功能是由其调控粘液产生的靶基因AGR2和ERN2/IRE1β介导的，而SPDEF程序的失活会损害肿瘤的生长，并促进亚型间从经典向基底样分化的转变。
④ 总之，该研究的发现扩大了对癌前病变和经典分化的PDA中活跃的转录程序的理解，确定了粘液产生的调节因子在这些细胞状态中的特异脆弱性，并揭示了表型转换是对分化状态决定因素失活的一种反应机制。
疾病研究；胰腺导管腺癌，黏液产生，肿瘤内异质性，细胞可塑性，细胞状态，scRNA-seq；Claudia Tonelli, David A Tuveson; Cold Spring Harbor, USA.
3、靶向空间转录组学的基因集合选择
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
Genome Biology; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13059-024-03174-1
内容概要：
① 靶向空间转录组学在分析复杂组织方面具有独特前景。然而，大多数此类方法只能测量有限的一组转录本，这些转录本需要提前选择，以便为所研究的细胞类型或过程提供信息。
② 现有基因筛选方法的一个局限是依赖于scRNA-seq数据，忽略了不同技术之间的平台效应（platform effect）。该研究介绍了一种通过优化已知细胞类型的检测来进行基因选择的计算方法—gpsFISH。
③ 通过对平台效应进行建模和调整，gpsFISH的效果具有优越性。此外，gpsFISH还能合并细胞类型层次和自定义基因偏好，以适应不同的设计要求。