大家好，欢迎观看《时空日报》第67期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计8篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、利用空间定位追踪大面积创伤再生过程中生物材料周围的免疫细胞
Tracing immune cells around biomaterials with spatial anchors during large-scale wound regeneration
Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41608-9
内容概要：通过多模式分析、scRNA-seq和空间转录组学等技术，探索了生物材料周围的免疫反应，发现调节性T细胞在抑制过度的2型炎症，减轻组织纤维化方面具有潜在作用，为理解创伤再生中免疫系统的协调和未来设计相关生物材料提供新思路。
2、I型干扰素标志和循环淋巴细胞在巨噬细胞活化综合征中的作用
Type I interferon signature and cycling lymphocytes in macrophage activation syndrome
The Journal of Clinical Investigation; IF:15.900; DOI: 10.1172/JCI165616
内容概要：通过snRNA-seq和scRNA-seq，发现巨噬细胞活化综合征（macrophage activation syndrome，MAS）患者的外周血单核细胞中存在与细胞增殖和IFN信号相关的基因表达，揭示了与青少年类风湿性关节炎（Still’s disease，SD）相关的MAS的特征—IFN-I的过量产生。
3、人胰腺导管腺癌浆细胞分泌自身抗原抗体
Plasma cells in human pancreatic ductal adenocarcinoma secrete antibodies to self-antigens
JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.172449
内容概要：通过scRNA-seq和免疫球蛋白测序，研究了人胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）中浆细胞（plasma cell，PC）的分泌物，发现它们分泌的自身抗原抗体可能是由于促进了已有的自身反应性B细胞应答所致。
4、供受者来源的病毒特异性组织驻留记忆T细胞存在于人类肾移植中
Virus-specific TRM cells of both donor and recipient origin reside in human kidney transplants
JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.172681
内容概要：单细胞转录组和T细胞受体（T-cell receptor，TCR）测序显示，供体和受体组织驻留记忆（tissue-resident memory，TRM）T细胞在其转录组谱系和共享的TCR克隆型方面具有显著的相似性，表明肾移植手术中存在多样化的组织驻留淋巴细胞（tissue-resident lymphocytes，TRL）群体，并可能对局部抗病毒保护做出贡献。
5、促炎性胰岛抗原反应性CD4 T细胞与1型糖尿病对alefacept的反应有关
Proinflammatory islet antigen reactive CD4 T cells are linked with response to alefacept in type 1 diabetes
JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.167881
内容概要：通过使用流式细胞术和scRNA-seq分析，发现具有记忆表型和独特转录谱的胰岛抗原反应性（islet antigen reactive，IAR）CD4 T细胞（Cluster 3）的频率与alefacept治疗组的C肽保存率呈负相关，揭示IAR CD4 T细胞可能是预测CD2途径治疗反应的潜在生物标志物。
6、哺乳动物食管分层组织的稳态分别由上皮多能性p63+Sox2+和p63-Sox2+细胞群体维持
Mammalian esophageal stratified tissue homeostasis is maintained distinctively by the epithelial pluripotent p63+Sox2+ and p63-Sox2+ cell populations
Cellular and Molecular Life Sciences; IF:8.000; DOI: 10.1007/s00018-023-04952-z
内容概要：通过scRNA-seq等技术分析大鼠食管器官体外培养系统，确定了两种细胞群体，p63Sox2和p63Sox2，其中p63Sox2群体位于基底层，是维持食管上皮干细胞性质和增殖的起源细胞，而p63Sox2群体位于上皮层，具有促进食管上皮分化和快速组织损伤修复反应的双重作用。这些发现揭示了哺乳动物食管组织稳态调节的关键细胞系群体，有助于保护食管免受癌变的侵害。
7、单细胞转录组学揭示成人皮质脊髓束的解剖学多样性
scGCC: graph contrastive clustering with neighborhood augmentations for scRNA-seq data analysis
IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics; IF:7.021; DOI: 10.1109/JBHI.2023.3319551
内容概要：提出了一种名为scGCC的新型图自监督对比学习模型，用于解决scRNA-seq数据分析中的挑战。该模型包括表示学习模块和聚类模块，可以学习低维去噪嵌入，有利于聚类任务，还提出了五种数据增强方法，以提高聚类性能。
8、微流控单细胞迁移芯片揭示细胞外基质对细胞运动的影响
Microfluidic single-cell migration chip reveals insights into the impact of extracellular matrices on cell movement
Lab on a Chip; IF:6.100; DOI: 10.1039/d3lc00651d
内容概要：开发了一种高通量微流控细胞迁移芯片，通过机器人液体处理和计算机视觉监测3200个单细胞的运动，提供了无与伦比的单细胞分辨率，为细胞迁移的各种细胞外基质的影响提供了见解，并为开发与细胞运动相关疾病的治疗策略提供启发。