大家好，欢迎观看《时空日报》第41期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计11篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、MacroH2A通过协调染色质环路限制黑色素瘤的癌相关成纤维细胞中的炎性基因表达
MacroH2A restricts inflammatory gene expression in melanoma cancer-associated fibroblasts by coordinating chromatin looping
Nature Cell Biology; IF:21.300; DOI: 10.1038/s41556-023-01208-7
内容概要：通过使用小鼠模型，发现MacroH2A缺失的癌相关成纤维细胞由于其炎症基因的高表达表现出更高的髓系趋化活性，这些基因的启动子与增强子之间的染色质环路增加了H3K27ac。该研究揭示了MacroH2A变异体通过调节肿瘤基质中的染色质结构发挥肿瘤抑制作用的潜在机制，对人类黑色素瘤具有潜在的意义。
2、Kdm6b介导的染色质去甲基化控制真皮成纤维细胞祖细胞的谱系分化
Lineage commitment of dermal fibroblast progenitors is controlled by Kdm6b-mediated chromatin demethylation
EMBO Journal; IF:11.400; DOI: 10.15252/embj.2023113880
内容概要：通过多模式单细胞方法、表观遗传学实验和移植技术，研究真皮成纤维细胞祖细胞（dermal fibroblast progenitors，DFPs）的状态和调控其分化潜能的机制，发现Kdm6b/Jmjd3是DFPs分化的关键因子，其缺失会导致小脂肪细胞区域消失和成熟真皮乳头功能受到抑制。
3、模拟断食法通过减少IgA产生细胞促进结直肠癌的抗肿瘤免疫
Fasting-mimicking diet drives antitumor immunity against colorectal cancer by reducing IgA-producing cells
Cancer Research; IF:11.200; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-23-0323
内容概要：通过scRNA-seq分析，发现模拟断食法（fasting-mimicking diet，FMD）治疗显著减少了肿瘤浸润的IgA+ B细胞，从而激活了小鼠结直肠癌（colorectal cancer，CRC）模型的的抗肿瘤免疫和肿瘤消退，强调了FMD治疗CRC的巨大潜力。此外，IgA+ B细胞浸润程度和脂肪酸氧化（fatty acid oxidation，FAO）相关代谢状态是评估FMD疗效的潜在生物标记物。
4、开发一种具有均匀光学场（Uni-μFCM）的微流控流式细胞仪以实现单细胞蛋白质的定量分析及其在白血病门控、肿瘤分类和癌干细胞层次中的应用
Development of a microfluidic flow cytometer with a uniform optical field (Uni-μFCM) enabling quantitative analysis of single-cell proteins and its applications in leukemia gating, tumor classification, and hierarchy of cancer stem cells
ACS Sensors; IF:8.900; DOI: 10.1021/acssensors.3c01060
内容概要：介绍了一种基于微流控技术的流式细胞仪—Uni-μFCM，其采用了金属窗口来实现光学激发和荧光检测的均匀光场，可以将多色荧光信号转化为任意分布的单细胞蛋白质数量。通过对四种不同细胞系的三种转录因子进行单细胞蛋白质定量实验验证，Uni-μFCM的应用范围进一步扩展到了白血病分类、肿瘤分类和癌干细胞层次的测定等领域。
5、食管鳞状细胞癌中的淋巴结结构与抗肿瘤免疫力的增强相关性
Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma
British Journal of Cancer; IF:8.800; DOI: 10.1038/s41416-023-02396-7
内容概要：通过scRNA-seq技术，发现三级淋巴结构+（tertiary lymphoid structure+，TLS+）肿瘤中的CD8+ T细胞表达细胞毒性标志物的水平较高，而TLS+肿瘤中树突状细胞（dendritic cells，DCs）的抗原呈现也得到了增强。免疫组织化学显示，TLS+肿瘤中的肿瘤浸润CD8+ T细胞和DCs的密度显著高于TLS-肿瘤。这些数据表明TLS在食管鳞状细胞癌中的预后和功能意义，并为TLS在肿瘤免疫微环境上提供了新的见解。
6、scRNA-seq鉴定eggpl在果蝇生殖细胞发育中的调节作用
Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila
EMBO reports; IF:7.700; DOI: 10.15252/embr.202256475
内容概要：研究使用scRNA-seq技术、RNAi筛选和生物信息学分析等方法，发现一个名为eggplant（eggpl）的基因在生殖干细胞中高度表达，在早期子细胞中下调，eggpl的下调将营养状况与生殖细胞增殖和分化联系起来。该研究为早期生殖细胞发育调控的信号网络提供了新的见解，并确定了eggpl在这一过程中的关键作用。
7、利用空间转录组学数据和深度学习预测基于乳腺癌组织病理学图像的基因表达
Breast cancer histopathology image-based gene expression prediction using spatial transcriptomics data and deep learning
Scientific Reports; IF:4.600; DOI: 10.1038/s41598-023-40219-0
内容概要：介绍了一种基于乳腺癌组织病理学图像预测基因表达的深度学习框架—BrST-Net。通过训练四种不同的深度学习架构，包括ResNet101、Inception-v3、EfficientNet和Vision Transformer，预测250个基因的表达。结果表明，该方法优于以前的研究，可以预测237个具有正相关性的基因，其中24个基因的中位相关系数大于0.50。
8、SWI/SNF复合物是视网膜色素上皮分化以及抑制细胞增殖和神经分化程序的必需品
SWI/SNF complexes are required for retinal pigmented epithelium differentiation and for the inhibition of cell proliferation and neural differentiation programs
Development; IF:4.600; DOI: 10.1242/dev.201488
内容概要：通过地理位置测序（Geo-seq）获得的发育中小鼠视网膜色素上皮（retinal pigmented epithelium，RPE）和邻近眼间质的高分辨率空间转录组图谱，该图谱涵盖了年轻和更成熟的眼祖细胞，揭示了RPE和眼间质分化过程中的关键转录因子及其基因调控网络。
9、STREAK：利用特征选择和阈值基因组评分对scRNA-seq数据进行细胞表面受体丰度估算的监督策略
STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring
PLoS Computational Biology; IF:4.300; DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011413
内容概要：介绍了一种新的监督式细胞表面受体丰度估计方法—STREAK。该方法利用从scRNA-seq/CITE-seq联合训练数据中学到的关联和阈值基因组评分机制来估算scRNA-seq目标数据的受体丰度。研究结果表明，STREAK优于其他丰度估计策略，并提供了更具生物学解释性和透明度的统计模型。
10、从小鼠喉部收集单个上皮细胞的方法
Method for collecting single epithelial cells from the mouse larynx
Laryngoscope; IF:2.600; DOI: 10.1002/lary.30970
内容概要：介绍了一种从小鼠喉部收集单个上皮细胞的方法，该方法通过使用小型牙刷旋转收集上皮细胞并进行细胞计数和细胞标记，成功捕获了多种喉部细胞类型并最小化非喉部位和非上皮喉部细胞的污染，可用于下游细胞和分子分析，包括scRNA-seq、蛋白质分析和细胞培养实验等。
11、scRNA-seq揭示促血管生成巨噬细胞的新预后生物标志物和治疗靶点
Single-cell RNA sequencing pro-angiogenic macrophage profiles reveal novel prognostic biomarkers and therapeutic targets for osteosarcoma
Biochemical Genetics; IF:2.400; DOI: 10.1007/s10528-023-10483-w
内容概要：通过差异表达分析得到8个与Angio-TAMs相关的基因，并利用LASSO算法构建了一个预后模型。该模型可将临床样本分为高风险和低风险亚组，高风险亚组的患者生存时间明显较短。此外，研究还发现Angio-TAMs基因风险标志物与免疫检查点反应呈负相关，提示其可能成为骨肉瘤患者的潜在预后生物标志物和新的治疗靶点。
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