大家好，欢迎观看《时空日报》第31期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计7篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、肾小管和内皮的1型白细胞介素-1受体信号转导在毒素诱导的急性肾损伤中的不同作用
Divergent actions of renal tubular and endothelial type 1 interleukin-1 receptor signaling in toxin-induced acute kidney injury
Journal of the American Society of Nephrology; IF: 13.600; DOI: 10.1681/ASN.0000000000000191
内容概要：通过scRNA-seq分析，1型白细胞介素-1受体（type 1 interleukin 1 receptor，IL-1R1）在近曲小管中的激活会加重毒素诱导的急性肾损伤（acute kidney injury，AKI）和细胞死亡，而在内皮细胞中的激活则可以通过恢复VEGFA依赖的内皮细胞生存和密度来改善马兜铃酸（aristolochic acid，AA）诱导的AKI。该研究强调了IL-1受体信号通路在毒素暴露后对AKI的细胞特异性作用，提出了在保留内皮细胞IL-1R1激活的同时破坏近曲小管中IL-1R1激活的途径可能会提供超过IL-1R1全局抑制的肾保护作用。
2、基于脂肪酸降解的多组学鉴定代谢亚型为肝细胞癌提供个性化治疗
Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma
Hepatology; IF: 13.500; DOI: 10.1097/HEP.0000000000000553
内容概要：通过对肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者进行RNA测序、PCR阵列、脂质组学、代谢组学和蛋白质组学分析，发现了三种脂肪酸降解（fatty acid degradation，FAD）亚型（F1、F2和F3），具有不同的临床、突变、表观遗传、代谢和免疫学特征，为FAD亚型的诊断提供了初步证据，并为个体癌症患者的治疗优化和临床决策提供了帮助。
3、通过交叉映射熵推断的单细胞因果网络
Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy
Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad281
内容概要：提出了一种新的因果关系判据——邻域交叉映射熵（neighbor cross-mapping entropy，NME），通过应用于scRNA-seq数据集，NME不仅可靠地推断出细胞类型的基因调控网络（gene regulatory networks，GRN），还能识别细胞状态，并在单细胞聚类和下游分析中表现出更好的性能。基于连续因果关系，NME为从scRNA-seq数据中推断GRN提供了强大的工具，进一步用于识别新的细胞类型/状态和预测细胞类型特异性网络模块。
4、利用多视图卷积网络识别空间分区的空间转录组学
Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks
Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad278
内容概要：提出了一种名为STMGCN的无监督学习框架，通过多视图卷积网络（multi-view graph convolution networks，MGCNs）识别空间域，以有效利用空间信息来增强潜在嵌入的表达能力。实验结果表明，STMGCN在空间域识别方面具有竞争力，并且可以检测到在已识别的域中具有富集表达模式的空间可变基因。
5、scRNA-seq揭示涎腺多形性腺瘤内的肿瘤异质性：初步研究
Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity within salivary gland pleomorphic adenoma: A preliminary study
Journal of Oral Pathology；IF: 5.000; DOI: 10.1111/jop.13465
内容概要：使用scRNA-seq对涎腺多形性腺瘤（salivary gland pleomorphic adenoma，SPA）进行初步研究，发现SPA内存在五种不同的细胞亚型，表明肿瘤细胞具有高度的内部异质性，揭示了SPA内部异质性和细胞骨架重塑相关基因在SPA发展中的重要作用。
6、COL3A1阳性内皮细胞通过NCL-PI3K-AKT轴影响LUAD预后并调节LUAD癌变
COL3A1-positive endothelial cells influence LUAD prognosis and regulate LUAD carcinogenesis by NCL-PI3K-AKT axis
The Journal of Gene Medicine; IF: 3.500; DOI: 10.1002/jgm.3573
内容概要：通过scRNA-seq分析，发现COL3A1阳性内皮细胞与恶性细胞之间的相互作用对LUAD的发生和发展具有重要影响。COL3A1阳性内皮细胞通过NCL-PI3K-AKT信号通路调节LUAD的增殖和凋亡，同时也影响LUAD的免疫微环境。
7、发育阶段工蜂（Apis mellifera）的细胞异质性：单细胞转录组学分析
Cellular heterogeneity of the developing worker honey bee (Apis mellifera) pupa: a single cell transcriptomics analysis
G3; IF: 2.600; DOI: 10.1093/g3journal/jkad178
内容概要：使用scRNA-seq技术将细胞类型映射到工蜂的不同发育阶段，共鉴定出63个不同的细胞群，其中17个细胞群在两个发育阶段都可识别，为进一步研究蜜蜂细胞水平的生物学提供了潜在的可能性。