本教文献
摩尼自己清楚意识到自己的宗教与以前的琐罗亚斯德教、犹太教、基督教、佛教的一个不同之处是：其他宗教的创始者没有亲自写定经典，以致于继承者莫衷一是，自己则在有生之年就写定经典，使继承者有所适从。
敦煌出土的汉文《摩尼光佛教法仪略》（简称《仪略》）中列举了摩尼教七部大经及图，可以与《布道书》等科普特文摩尼教文献中的记载相印证：即
《彻尽万法根源智经》（《生之福音》或《大福音书》）、
《净命宝藏经》（《生命之宝藏》）、
《律藏经》或称《药藏经》（《书信》）、
《秘密法藏经》（《秘密书》）、
《证明过去经》（《专题论文》）、
《大力士经》（《巨人书》）、
《赞愿经》（《诗篇和祈祷书》）、
《大二宗图》（《图集》）。
上述七部大经是摩尼亲自用古叙利亚文所写的，如今已经大部分失传，有的还能找到一些断简残篇。《大力士经》的残片较多，可以看出与死海古卷中的《以诺书》有渊源关系。此外，在阿拉伯史料中，把摩尼用中古波斯文所写、题献给沙普尔一世的《沙卜拉干》也列为经典，它应该就是延载元年（694）传入中国的《二宗经》，关于世界末日的部分尚保存比较完整。
除了摩尼亲自写的上述经典外，摩尼教还遗存了大量文献，大致可以分为五类。
第一类是宗教历史性文献，类似基督教的福音书、使徒行传、信徒书，杂有关于奇迹的记载，但是仍然有信史的成分。
袖珍型的《科隆摩尼古卷》已刊布192页，由摩尼弟子转述的摩尼自传资料汇编而成，基本上以第一人称回顾了摩尼早年在浸礼派中生活、受到神我启示、与他们决裂和开始传教的历程。科普特文的《布道书》（Homilies）已刊布96页，其中第42-85页是关于觉悟者（即摩尼）被钉上十字架的记载，第7-42页则是大战讲义，与今存《沙卜拉干》残片类似，讲述摩尼教关于世界末日发生大战的教义。由于这两份文书的幸存，我们对摩尼生平的早期和末期所知较多。三十年代在埃及麦地纳-马地（Medinet Madi）发现的大量摩尼教科普特文书中的一种是关于摩尼生平和摩尼教会早期历史的著作，可惜在二战后的混乱中遗失了（仅存两页）。当今，我们还可以通过一些吐鲁番出土的伊朗语和回鹘语残片，包括《牟羽可汗入教记》和书信，以及最近在埃及喀里斯（Kellis）出土的科普特文书信、中国泉州摩尼教碑刻等资料增加一些对摩尼最后所受的迫害和摩尼教传播情况的了解。
第二类是教义阐释。
埃及麦地纳-马地出土的科普特文的《生之福音》评注（Synaxes（commentary?） on the Living Gospel）的一部分图版和《我主摩尼智慧的克弗来亚》（The Kephalaia of the Wisdom of my Lord Mani）的全部图版已经出版，有若干介绍，全部内容尚待科普特文专家释读。《导师（即摩尼）的克弗来亚》（The Kephalaia of the Teacher（i.e.Mani））已经释读295页，翻译成德文和英文。克弗来亚意为纲目、章节、要义。《仪略》中说，摩尼其余六十年间宣说正法，诸弟子等随事记录，克弗来亚显然是这种记录中最重要的一种，在西方史料中，它常被列为摩尼教经典。当今，我们能看到的有122章，通常是对话体，即由摩尼的弟子问一个或一些问题，摩尼予以解答，内容涉及摩尼教几乎所有的方面。敦煌出土的汉文《摩尼教残经一》与此类似，也是阐释教义的对话体记录，今存345行。由摩尼弟子阿驮提出问题，摩尼予以解答，从诸神造成世界和贪魔造立人身讲起，叙述贪魔以五明性禁于肉身，而惠明使与之斗争，使五明性得以解脱，也即使故人转化为新人。这与《导师的克弗来亚》第38章相近。《摩尼教残经一》的另一个主要部分讲述惠明使通显三大光明日，降伏二种无明暗夜，与《导师的克弗来亚》第4章类似。汉文《摩尼教残经一》已经翻译成法文和德文。此经的一些帕提亚文、粟特文和回鹘文残片已经缀合刊布，翻译成德文（部分翻译成英文），可资比较研究。
第三类是诗篇。
埃及麦地纳-马地出土的科普特文诗篇图版已经刊布，其中保存较好的第二部分共234页已经释读并翻译成英文。敦煌出土的汉文《摩尼教下部赞》今存423行，已经翻译成英文和德文。吐鲁番出土很多伊朗语与回鹘语诗篇残片，其中比较长篇的，如帕提亚文《胡威达曼》（Huwidagman，第一章在唐代已经被翻译成古汉文，即《摩尼教下部赞》第262-338颂的叹明界文）和《安格罗斯南》（Angad Rosnan）、回鹘文《摩尼大颂》等已经释读并翻译成欧洲语文。摩尼教诗篇内容大致可以分为：庇麻节（Bema）诗篇，赞颂各个神，特别是耶苏的，赞颂摩尼与其他宗教领袖的诗篇等等。通过比较研究这些诗篇，我们可以观察一些相同或类似的宗教象征符号怎样在不同文明之间传播、翻译、假借、融合。
第四类是关于教团组织和仪规的文献。
本世纪初在北非阿尔及利亚的特贝萨（Tebessa）发现一篇拉丁文书，讨论摩尼教选民（僧侣）和听者（一般信徒）的区别，已经翻译成英文。敦煌出土的回鹘文《摩尼教忏悔文》包括十五项忏悔的内容，已经被翻译成德文、俄文、英文和中文。吐鲁番交河城出土的《回鹘文摩尼寺院文书》的图版刊布于1954年，已经有中文、德文（部分）、英文和日文译本。敦煌出土的汉文《仪略》简明扼要地叙述了摩尼生平和创教、他的形象、主要典籍、教团组织结构、寺院制度、基本教义二宗三际论。已经有英文、法文和德文译本。《仪略》可能不是从中亚语言直接翻译过来的，而是精通中亚摩尼教文献的僧侣所著。
第五类是文学性的布道作品。
摩尼教广泛利用各个文明中固有的故事，加以改造，宣传自己的教义。粟特文故事中就有很多这样的例子：《宗教和世界之海的故事》明显源自佛教《海八德经》等经文，以大海比喻和赞美摩尼教。《珍珠穿孔工人的故事》起源于波斯，伊本-穆盖法耳（？-757）翻译的阿拉伯文译本《凯利莱和迪木奈》中有类似的故事。《三条鱼的故事》与印度《五卷书》中的一个故事类似。《商人和精灵的故事》改编自圣经《士师记》第11章（耶弗他的女儿）和维吉尔（70-19BC）的史诗《埃涅阿斯纪》中关于克里特王伊多梅纽斯的故事。《猴子和狐狸的故事》出自伊索寓言。《约伯的故事》出自圣经《约伯记》。回鹘文故事中也不乏同样的例子：也有出自伊索寓言的故事。佛陀身为太子时，出城遇到老人、病人和死人，从而悟道的回鹘文故事，可能译自粟特文，而粟特文译本可能是中世纪欧洲广泛流传的《白尔拉木和约萨法特》的故事的雏形。《醉汉和尸体的故事》令人联想到基督教伪经《约翰行传》中的类似情节。《三个王子的故事》源自波斯，而《通天文婆罗门书》则源自印度。
教外史料
除了摩尼教本身的文献之外，还有相当数量的教外作者有机会接触摩尼教徒，或阅读摩尼教文献，他们留下了自己的记载。有的记载比较客观，有的则带有明显的偏见。这些记载可以按照所用的语文，大致分为：叙利亚文、希腊文、拉丁文、阿拉伯文和汉文史料。
叙利亚文史料
可以举两位作者为例。一位是埃弗来姆（Ephraem，Syrus，Saint，303-373），他是多产的东方基督教作家，时代离开摩尼比较近，在340年左右写成驳斥摩尼、玛桑、巴戴桑的书，有英译本。全书以批判摩尼等异端为目的，不过仍然记载了早期摩尼教的一些特点。巴尔库尼（Theodore bar Konai，8th/9th cent.）是美索不达米亚景教主教，790年左右写成《斯可利亚》（Liber scholiorum），原意在于揭露摩尼教，但是客观上扼要地引述了不少摩尼教文献，成为重要的摩尼教教义概述，这段概述被翻译成多种欧洲语文。因为摩尼原来所用的语文是叙利亚文，所以这些引述比较接近原文。
希腊文史料
种类比较多。里科普里斯的亚历山大（Alexander，of Lycopolis）于300年左右写成《批判摩尼教教义》，复述了摩尼教的二宗论。赫格曼尼亚斯（Hegemonius，4世纪上半叶）的《阿基来行传》（Acta Archelai）原来当为希腊文，今仅存片段，全文的拉丁文译本留传至今，有德文和英文译本。书中记载了美索不达米亚某地主教阿尔科劳斯（Archelaus）与摩尼的一场辩论，现代学者多认为这是一个虚构的故事，但是仍然保留了许多有用的史料，以后的其他希腊文史料多半转引此书。多产的凯撒利亚主教优西比乌斯（Eusebius，of Caesarea，Bishop of Caesarea，ca.260-ca.340）在其名作《基督教教会史》中对摩尼的攻讦显示了当时基督教会对他影响之大的警惕性。埃及思穆伊斯的塞拉皮昂（Serapion of Thmuis）著有《反摩尼教徒》一文。叙利亚基督教主教玻斯托拉的狄托斯（Titus of Bostra，？-370）写的反摩尼教的书有一些独立的资料。萨拉米斯的埃皮法尼乌斯（Epiphanius of Salamis）374-376年间所著的《（反异端）良药宝库》的第66章专门批驳摩尼教，资料多出自狄托斯和《阿基来行传》。另外，在拜占庭帝国早期，摩尼教教徒被迫改宗基督教时，必须宣誓谴责摩尼教，当时使用的几份希腊文教义之正式声明保存至今，也是研究摩尼教的宝贵资料。
拉丁文史料
最突出的是圣奥古斯丁（354-430）的著作。他曾有九年之久是摩尼教的听者（普通信徒），后改宗基督教，391年任神甫以前，就写了《意志的自由选择》、《论天主教会的道德》、《论摩尼教的道德》、《真的宗教》等五篇反对摩尼教的论著；任神甫以后，391年出版了短篇论文《信仰之利》，接着写了小书《两个灵魂》。次年出版《与福图那图斯论战》，稍后出版《驳题为基本原理的摩尼教书信》、《反福斯特斯》、《善的性质》等反摩尼教著作。此外，在《忏悔录》、《书信》第79和236封、《布道文》1，2，12，50，153，182，237、《节欲》等论著中，也涉及摩尼教。奥古斯丁的著作大多有英文译本。罗马帝国皇帝戴克里先（243？-316？）曾向非洲总督朱利安奴斯发布的诏书，要他警惕摩尼教的危险。皈依基督教的西罗马帝国皇帝瓦伦提尼安一世（364-375）于372年发布诏书反对摩尼教。这些诏书和罗马皇帝狄奥多西一世（346？-395）的几封反摩尼教诏书也是重要史料。
阿拉伯史料
可以两个作者为例。比较著名的是奈丁的《群书类述》，有德文、英文译本，概述了摩尼生平（一些细节被摩尼教本身的文献证明是正确的）、思想的渊源、教义、戒律、继承问题、教派、摩尼著作目录、摩尼以后的宗教领袖等。另一位重要作者是比鲁尼（973-1048），他在《古代遗迹》中分析了摩尼的思想渊源，介绍了摩尼的戒律和观念，摩尼的出生年代和地点，主要著作和去世情况。他在《印度考》中也有一些地方谈到摩尼，指出摩尼关于转世的思想来自印度教。比鲁尼的这两种著作都有英译本。
汉文史料
比较分散，种类繁多。一般史籍类如《册府元龟》、新旧《唐书》、《通典》、《唐会要》、《通鉴》、新旧《五代史》、《宋史》、《明太祖实录》、《大明律例集解》等有一些摩尼教传入中国、进行活动及遭到迫害和禁止的记载，多为重大事件而叙述简略。《宋会要辑稿》刑法门二宣和二年（1120）的一条资料记载了宋代摩尼教徒所用的经文及画像。