大家好,欢迎观看《时空日报》第18期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要,并辅以人工审核,供了解参考。
1、癌细胞利用微环境神经信号反式激活核-线粒体协同以获得干性
Cancer cell employs a microenvironmental neural signal trans-activating nucleus-mitochondria coordination to acquire stemness
Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: 39.300; DOI: 10.1038/s41392-023-01487-4
内容概要:该研究发现一项针对33种TCGA癌症类型的10,852个样本的泛癌症转录组学筛查显示,cAMP应答元件(cAMP-responsive element,CRE)转录因子是癌症干细胞的趋同激活因子。联合转录组谱的反卷积、神经标记的规范和去甲肾上腺素动力学分析,并经scRNA-seq验证,阐明了癌细胞通过去甲肾上腺素- ATF1驱动的核-线粒体协同程序获得干性,提示通过劫持微环境神经信号获得空间化干性的可能性。
2、基质STAT5介导的营养活性调节造血微环境因子
Stromal STAT5-mediated trophic activity regulates hematopoietic niche factors
Stem Cells (Dayton, Ohio); IF: 5.200; DOI: 10.1093/stmcls/sxad055
内容概要:通过使用多种骨髓造血和基质Cre转基因小鼠株系,发现信号转导和转录激活因子5(STAT5a和STAT5b,STAT5ab)敲除会导致造血干细胞向粒细胞分化的启动,同时会影响基质细胞的基因表达和细胞功能,进而影响骨髓微环境的支持作用。此外,STAT5ab/Cish平衡在基质细胞和造血干细胞分化中起着关键作用。
3、CD4表型与黑色素瘤患者采用细胞免疫治疗时肿瘤浸润淋巴细胞扩增减少相关
CD4 phenotypes are associated with reduced expansion of tumor-infiltrating lymphocytes in melanoma patients treated with adoptive cell therapy
Journal of Immunology; IF: 4.400; DOI: 10.4049/jimmunol.2300250
内容概要:通过RNA-seq和染色质免疫沉淀测序分析CD4+和CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte,TIL)的相关性,结合公共scRNA-seq数据,发现输注CD4+细胞频率与输注TIL的数量呈负相关,输注TIL的数量越多,黑色素瘤患者的总生存期越长。该研究结果对于深入了解黑色素瘤患者的TIL扩增机制具有重要意义。
4、FDG摄取反映了免疫富集型甲状腺癌:基于成像的分子特征的临床意义
FDG uptake reflects an immune-enriched subtype of thyroid cancer: Clinical implications of imaging-based molecular characterization
Cancer Medicine; IF: 4.000; DOI: 10.1002/cam4.6350
内容概要:通过分析甲状腺癌的18F FDG PET和RNA-seq数据,以及scRNA-seq数据,发现FDG摄取主要发生在肿瘤微环境中的免疫细胞中,FDG摄取可作为免疫富集型甲状腺癌的标志,并为治疗分层提供临床意义。
5、综合分析RNA-seq数据和scRNA-seq数据建立基于m6A调控因子和干细胞特性的肝细胞癌预后模型
Establishment of a prognostic model based on m6A regulatory factors and stemness of hepatocellular carcinoma using RNA-seq data and scRNA-seq data
Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05045-x
内容概要:基于RNA-seq数据和scRNA-seq数据,综合分析了m6A调节因子与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)肿瘤干细胞之间的关系,发现了10个与肝细胞癌预后相关的hub m6A关键调控因子,并确定调控因子RBM15B、LRPPRC、IGF2BP1和IGF2BP3可作为有价值的预后指标以用于指导肝细胞癌患者的治疗。