正文中引用的文献的标注方法主要有两种，分别是顺序编码制和著者、出版年制。同一篇论文中只能采用一种标注方法，不能混合使用。
一、顺序编码制
顺序编码制是参考文献的一种标注体系，即按正文中引用文献出现的先后顺序连续编码，并在正文引用处用上标标出，序号置于方括号中。如果顺序编码制用脚注方式，则序号可由计算机自动生成圈码。
如：参考文献的著录，反映作者写作材料占有的途径。“同一篇论文中,只能选用一种标注方式，不能混合使用。”[1]
用顺序编码制著录参考文献时，常会遇到两种特殊情况：
同一处引用多篇文献。此时只需要将各篇文章的序号在方括号内全部列出，各序号间用“，”分隔。如果遇到连续序号，起讫序号间用短横线连接。此规则不适用于用计算机自动编码的序号。
如：引文的数量是评价文章质量的重要指标。但文献引用时，不能一味强调数量指标。正如张三、李四、王五等[3-5]指出“参考文献一般不用全部列出，应只著录最必要和最新的文献……”
是多次引用同一著者的同一文献。这时，一般只标注首次出现的文献序号。为了区别对待，通常在相应的“[]”外著录引文页码。如果用计算机自动编序号时，应重复著录参考文献，但参考文献表中的著录项目可简化为文献序号及引文页码。
如：张三认为，工程设计是为满足目标需求而创造某种系统、部件或方法的过程 [1]31。
二、著者-出版年制
正文引用的文献采用著者-出版年制时，各篇文献的标注内容由著者姓氏与出版年构成，并置于圆括号“()”内，字体字号与正文相同。
倘若只标注著者姓氏无法识别该人名时，可标注著者姓名，例如中国人、韩国人、日本人用汉字书写的姓名。
集体著者著述的文献可标注机关团体名称。
倘若正文中已提及著者姓名，则只需在其后的“（）”内著录出版年。
在正文中引用多著者文献时，对欧美著者只需标注第一个著者的姓，其后附“et al.”；对中国著者应标注第一著者的姓名，其后附“等”字，姓氏与“等”之间留适当空隙。
多次引用同一著者的同一文献，在正文中标注著者与出版年，并在“（）”外以右上标的形式著录引文页码。
如：武丽志等认为，个案研究法不是完全独立的研究方法（2015 ）。
个案研究法不是完全独立的研究方法（武丽志等，2015 ）。
张三（2016）31认为，工程设计是为满足目标需求而创造某种系统、部件或方法的过程。工程设计的难度也是分层次的，如改装设计、改进设计和全新设计等。张三（2016）32认为，改装设计指产品在具体细节上与已有产品有所不同，但在原理上与已有产品并没有很大的改变。
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