Nature文献解读 | 揭开单细胞CUT&Tag(scCUT&Tag)的神秘面纱!

2021年4月12日,美国华盛顿大学Anoop P. Patel和美国弗雷德·哈钦森癌症研究中心Steven Henikoff研究团队在《Nature Biotechnology》上发表一篇“Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression”的文章[1]。

结果显示H3K27me3的scCUT&Tag分析可区分人血中的细胞类型,并允许从异质组织生成特定细胞类型的多梳基团(PcG)景观。

此外,他们使用scCUT&Tag对治疗前后脑肿瘤患者的H3K27me3进行了分析,鉴定了肿瘤微环境中的细胞类型以及主要样品和治疗后PcG活性的异质性。

作者(Henikoff)和方法( scCUT&Tag),大家会不会有点似曾相识?就是我们之前的中提到的Henikoff和CUT&Tag技术。

Henikoff团队在本文中,针对bulk CUT&tag技术,巧妙“嫁接”10x单细胞捕获平台,将每个细胞标记上特定的barcode,实现单细胞分辨率的蛋白-DNA互作关系研究。

研究策略

样品:小鼠中枢神经系统的成千上万个细胞,PBMC细胞;

检测靶标活跃启动子、增强子和基因体(H3K4me3、H3K27ac和H3K36me3);非活性区(H3K27me3);

检测平台CUT&Tag ,10xGenomics system;

scCUT&Tag(10.1038/s41587-021-00865-z)

CUT&Tag实验与单细胞平台有机结合

方案1:神经细胞(先提细胞核)


方案2:PBMC细胞(Tn5片段化后再抽核)

产品解决方案

爱博泰克作为酶原料商,成功克隆了pA-Tn5,pG-Tn5,及pAG-Tn5转座酶,可以提供无缝替换的核心酶元件。


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参考文献1.Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression[J]. Steven J. Wu, Steven Henikoff et al. Nature Biotechnology.2021.2.CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells [J]. Henikoff S et al. Nature communications. 2019.

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