自从片段化酶打断DNA的方法在NGS(Next Generation Sequencing)中广泛应用后,片段化酶建库就占据了基因组建库的半壁江山。
但是,目前市面上的片段化酶建库试剂盒仍然存在一定的局限性,如打断效果不均一;存在EDTA的敏感性等等。而超声建库虽然存在成本高,损失大等缺点,但是其无偏好的打断效果仍然是NGS建库的金标准。
表1. 各品牌片段化酶试剂盒对EDTA的敏感性
爱博泰克(ABclonal)近些年不断浸心片段化酶的研发和生产,已陆续推出了多款片段化酶建库试剂盒()。
这些建库试剂盒在帮助我们的客户完成科学研究的同时,也在不断接收客户的反馈和意见。现在,经过ABclonal科学家的潜心研发,我们正式推出了片段化酶建库的迭代版本—FS Pro DNA Lib Prep Kit V2(ABclonal CAT.NO. BK0056)。
FS Pro DNA Lib Prep Kit V2试剂盒在本次升级中解决了两大突破性难题:片段化酶对EDTA的敏感性;试剂背景菌的控制。
01打断体系高度兼容多种溶剂
将100 ng NA12878 标准品DNA,分别溶于32 μL的1X TE Buffer(1mM EDTA)、Low-EDTA TE、EB(elution buffer)、Nuclease-Free Water和Tris HCl pH 7.5中,使用FS Pro DNA Lib Prep Kit V2进行文库构建。
所有溶剂的DNA样本均采用32 ℃ 15 min的片段化时间,所构建文库使用Agilent DNA 1000 Chips进行片段大小分析。
从文库质控的峰图中可以看出,使用不同溶剂溶解的NA12878标准品DNA所构建的文库片段大小一致,主峰没有偏差,文库片段分布均匀。结果证实FS Pro DNA Lib Prep Kit V2中的片段化酶对于不同浓度的的EDTA溶剂具有良好的耐受性,且在不同的离子溶剂中都能维持稳定的片段化效果!
图1 .溶于不同溶剂的DNA标准品文库片段分布
酶切时间的长短是影响片段化酶文库片段大小的主要因素。将100 ng NA12878 标准品DNA溶于32 μL的1X TE Buffer(1mM EDTA)中,使用FS Pro DNA Lib Prep Kit V2进行文库构建。32 ℃片段化的时间分别设置为5 min、10 min、15 min、20 min、25 min、30 min,所构建文库使用Agilent DNA 1000 Chips进行片段大小分析。
从文库质控的峰图中可以看出,片段化的时间越短,文库片段越长。片段化时间为15 min时,文库主峰在350 bp左右;片段化时间为10 min时,文库主峰在450 bp左右。客户可以根据自身需要来调整片段化时间,得到预期的文库长度。
图2. 不同片段化时间的DNA标准品文库片段分布
02试剂背景菌控制
宏基因组高通量测序技术(mNGS)通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析,可以无偏倚地检测多种病原微生物,正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测。如何尽可能减少试剂和环境来源中的背景菌对结果判读的干扰,是mNGS技术检测规范化的重要保障。
FS Pro DNA Lib Prep Kit V2试剂盒的生产经过严格的质控体系 ,试剂背景菌控制较好,残留极低,适合用于mNGS检测中的文库构建。
我们将1 ng NA12878标准品DNA使用FS Pro DNA Lib Prep Kit V2进行文库构建,并进行测序分析。分析结果显示,20种常见关注的致病菌中,两次测试均未检出致病菌reads。这表明FS Pro DNA Lib Prep Kit V2的试剂材料品质极高,可以用于mNGS的检测中。
表2. 20种常见关注致病菌的检出统计