2011年教育部在《关于切实加强和改进高等学校学风建设的实施意见》（教技〔2011]1号）中再次明确，“对于学术不端行为的处理，要遵循实事求是、严肃认真的原则，同时，注意维护当事人的合法权益”。
对学术不端行为的认定必须遵循相应的程序，主要包括以下过程。
1、受理。受理一般是从举报人的申请（包括有关当事人的匿名举报)开始。对学术不端行为的举报，一般应当以书面方式实名提出，并符合下列条件：①有明确的举报对象；②有实施学术不端行为的事实；③有客观的证据材料或者查证线索。以匿名方式举报，但事实清楚、证据充分或者线索明确的，高等学校应当视情况予以受理。学术不端行为举报受理后，应当交由校学术委员会按照相关程序组织开展调查。学术委员会可委托有关专家就举报内容的合理性、调查的可能性等进行初步审查，并作出是否进入正式调查的决定。决定不进入正式调查的，应当告知举报人。举报人如有新的证据，可以提出异议。异议成立的，应当进入正式调查。
2、调查。调查包括初步调查和正式调查：初步调查即访谈涉案对象、收集信息，以初步确认不端行为是否存在；正式调查包括对实验和其他数据进行广泛评议，对研究涉及的所有当事人进行访谈等。在调查过程中，调查机关与人员可以采取包括检查、询问证人和鉴定人、专业机构出具意见书、要求当事人提供证据、听取当事人意见、现场勘验、科学实验、鉴定等各种措施。
3、听证。调查组织经过调查取证，认为指控的学术不端行为属实时，通知被认定有学术不端行为的当事人，并告知当事人有要求举行听证的权利。如果当事人要求举行听证，应当为其安排。
4、决定。调查要最终形成报告，给出不端行为是否属实、不端行为严重程度的结论，并据此结论给出处罚。
5、申诉与复查。当事人如果对学术不端行为的认定存有异议，可向委员会所属组织提出申诉，要求重新进行调查。
6、结果公布。学术不端行为不仅是侵犯了个人权益，而且危害整个学术的健康发展。应当通过公众媒体对外发布学术不端行为的认定以及相应的责任。
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