学术不端行为违背了科学的求真精神，导致出现短期行为和片面追求数量而不追求质量等现象，导致本已稀缺的研究资源的浪费和科技整体创新能力的下降。其危害具体体现在以下5个方面。
1.学术不端行为违背科学精神
学术不端行为违背了科学的求真精神。科学是求真之学，追求真理、为真理而献身的精神是科学精神的核心内涵和根本要义。抄袭和剽窃是把他人的研究成果窃为己有，是对他人研究成果的扭曲性重复，丝毫未有原创性和独创性可言，背离了科学活动求新的最高价值取向。
2.学术不端行为对社会资源和学术生命造成浪费
学术不端行为造成社会资源配置的失衡和低效。为争夺国家有限的学术资源，一些人受利益驱动，弄虚作假，骗取国家科研经费。有的学者利用自己的身份和地位，优先为自己安排科研经费和科研项目。有些早有定论并已有成果的科研问题，却还在反复立项研究、发表论文、申报成果；。学术不端行为使人把时间和精力浪费在歪门邪道上，投机取巧、剽窃抄袭、弄虚作假，放弃对学术的追求，丧失了科学探究的动力和热情，过早地结束了自己的学术生涯。
3.学术不端行为有损科学研究的诚信和正常的学术秩序
在学术不端方面，伪造和篡改是最恶劣的行径，它们都属于学术造假，在研究的伪成果中提供的材料、方法、数据、推理等方面不符合实际，无法通过重复试验再次取得，有些甚至连原始数据都被删除或丢弃，无法查证。
4.学术不端行为贻误人才的培养
高等学校肩负着培养高素质人才的重要任务。学生能否受到良好的学术训练将影响他们的成才。“学高为师，身正为范”，教师学术道德素质高低，学术行为是否规范，是影响学生学术道德素质高低的一个重要因素。尤其是在研究生教育阶段，导师和学生的关系比较密切，导师对学生的影响更大。研究生原本是怀着憧憬进入学术殿堂接受深造的，当他们发现自己的导师有学术不端行为，当他们看到自己身边的一些硕士生、博士生弄虚作假骗取学位，他们将失去对学术研究的热情，人生观和价值观会受到巨大的冲击，在今后的人生道路上留下难以抹去的阴影！
5.学术不端行为贬低学术界和知识分子的社会公信力
学术是社会文化的精华，是衡量一个社会文明水准的重要尺度。社会不同阶层的民众对于学术界与知识分子怀有信任与好感，寄予很高的期望。学术不端行为贬低了学术的公信力，损害了知识分子在人们心目中的良好形象，挑战社会的道德良知，动摇了人们对真善美的追求和对科学研究的信仰，产生了对学术界和知识分子的信任危机。