01 论文信息
2021年5月，上海交通大学医学院附属仁济医院团队在Science Advances (IF 14.136/Q2)期刊在线发表题为“Mucosal immunity–mediated modulation of the gut microbiome by oral delivery of probiotics into Peyer’s patches”的论文。
论文作者：第一作者：Sisi Lin，Subhajit Mukherjee；通讯作者：Jinyao Liu（音译 刘尽尧）
02 论文质疑
质疑一
学者Elisabeth M Bik指出，图S8中EcN@YM组的3h和EcN组的4h的IVSI活体成像图过于相似（红框框出部分）。
图S8：
质疑二
Elisabeth M Bik还发现，图4D的激光扫描共聚焦显微镜结果中，存在疑似图片重叠区域
图4D：
质疑三
Elisabeth M Bik还指出，图7，8中一些测量值非常相似（相同颜色框出），此外，一些数据点的分布不规则（特别是图8M中）。此外，图8N中黑三角的error bars是否与实际分布匹配？
图7：
图8：
质疑四
学者Bastian V. H. Hornung指出，图6中微生物群可能不能代表老鼠，而是显示了实验污染的迹象。6B中的类群通常与宿主无关，而是与环境有关，如蓝藻细菌(通常进行光合作用，所以不在肠道中发现)、氯霉素、酸杆菌和语法菌。此外，在6H中看到的Alphaproteobacteria类也很可能是一种污染物。
图6：
学者Hormuzakia negevensis也补充表示，不能小看这篇文章中存在的现实问题，包括关于微生物组成的评论，然而在他看来有时候叶绿体会被16S rRNA基因测序标记为蓝藻细菌，所以这个信号可能来自于老鼠饲料。
04 作者回复
本文在2021年5月发表后，经核查发现存在IVSI活体成像图过于相似、图片重叠、数据相似、以及疑似检测菌群污染等问题。截止到目前，作者尚未针对以上质疑做出任何回复。
参考信息：
https://pubpeer.com/publications/08B44E21E0A9C5E502F4B51B9E75E0 https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abf0677
来源：撤稿快讯