大家好，欢迎观看《时空日报》第275期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、与年龄相关的上皮缺陷限制了胸腺的功能和再生
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
Nature Immunology; IF: 27.700; DOI: 10.1038/s41590-024-01915-9
内容概要：
① 胸腺在建立适应性免疫系统中起着至关重要的作用，然而它会随着年龄的增长而发生退行性变化，导致免疫应答能力受损。此外，胸腺对急性损伤也极为敏感，尽管它具有再生能力，但这种能力会随着年龄的增长而逐渐减弱，具体原因尚不清楚。为了深入了解这一现象，研究团队采用了单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪和高级成像技术，对非造血基质细胞中与年龄相关的变化进行了深入分析。
② 通过这些先进的研究手段，他们发现了两种非典型胸腺上皮细胞（TEC）状态的出现，这些细胞被称为与年龄相关的TEC（aaTEC）。这些aaTEC在胸腺内形成了高密度的髓周上皮簇，而这些簇中几乎没有胸腺细胞的存在。随着年龄的增长，这种无功能的胸腺组织会逐渐积累，并表现出上皮向间质转化的特征，同时伴随着FOXN1的下调。
③ 进一步的研究表明，aaTEC的出现与其他功能性TEC群体之间存在着复杂的相互作用。在基线水平下，aaTEC从其他功能性TEC群体中获取紧张性信号，作为TEC生长因子的汇点。然而，在急性损伤后，aaTEC会显著扩张，这进一步扰乱了营养再生途径，并与退化的胸腺修复缺陷密切相关。
④ 因此，这些发现揭示了胸腺退行性变与免疫衰老之间的独特联系，为开发针对老年人的免疫增强疗法提供了新的思路。通过深入理解aaTEC在胸腺退行性变中的作用机制，有望开发出更有效的治疗策略来增强老年人的免疫功能。
其他研究：胸腺，免疫应答能力，空间转录组学，谱系追踪，高级成像技术， scRNA-seq; Kousa AI, Jahn L, Zhao K, et al.; Program in Immunology, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA.
2、全外显子组关联研究鉴定了极度近视中的 KDELR3 突变
Exome-wide association study identifies KDELR3 mutations in extreme myopia
Nature Communications; IF:14.700; DOI: 10.1038/s41467-024-50580-x
内容概要：
① 极高度近视（EM），其定义为球镜等效值（SE）低于或等于-10.00屈光度（D），是导致视力受损的主要原因之一。然而，目前已知的与EM相关的遗传变异体仅能解释有限的风险，对于临床决策来说尚显不足。为了深入探究EM的风险基因，研究人员对449名EM患者和9606名对照者进行了全外显子组测序（WES）。
② 研究结果显示，EM病例中存在显著过量的罕见蛋白质截断变异体（PTV），这些变异体在逆行囊泡介导的转运通路中表现出富集现象。为了进一步确定这些变异体对特定细胞类型的影响，研究人员采用了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞多基因负担评分（scPBS）技术，最终将PI16+/SFRP4+成纤维细胞确定为与EM最相关的细胞类型。
③ 此外，研究还发现KDELR3在巩膜成纤维细胞中高度表达，并参与了巩膜细胞外基质（ECM）的组织过程。为了验证KDELR3在EM中的作用，研究人员利用斑马鱼模型进行了实验，结果显示KDELR3的下调会导致眼轴长度延长和晶状体直径增加。这项研究不仅为EM的人类遗传学提供了新的见解，还强调了KDELR3在EM发病机制中的重要作用。这些发现有望为EM的预防、诊断和治疗提供新的思路和方法。