大家好，欢迎观看《时空日报》第171期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、体内免疫细胞相互作用的通用记录
Universal recording of immune cell interactions in vivo
Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-024-07134-4
内容概要：
① 免疫细胞依赖于与其他免疫和非免疫细胞群的短暂物理相互作用来发挥其调节功能。为了直接在体内研究这些相互作用，已经开发了一种使用分子伴侣CD40L和CD40之间的酶转移标记底物来标记相互作用细胞的方法—LIPSTIC（通过SorTagging细胞间接触标记免疫伙伴关系）。然而，对这一途径的依赖限制了LIPSTIC在检测CD4+ T辅助细胞和抗原呈递细胞之间相互作用方面的应用。
② 该研究开发了一个通用版本的LIPSTIC（uLIPSTIC），可以记录免疫细胞之间以及免疫和非免疫细胞群之间的物理相互作用，而与受体和配体是否参与无关。
③ 研究表明，uLIPSTIC可以用于监测树突状细胞对CD8+ T细胞的激活，揭示调节性T细胞的稳态细胞伙伴，并根据其与生发中心B细胞的同源相互作用识别生发中心驻留的滤泡辅助性T细胞。
④ 通过将uLIPSTIC与单细胞转录组学相结合，研究构建了稳态下与肠上皮细胞物理相互作用的免疫细胞群目录，并描述了系统性感染后多器官中淋巴细胞脉络膜脑膜炎病毒特异性CD8+ T细胞相互作用的进化。
⑤ 总之，uLIPSTIC为检测和理解多种生物系统中的细胞间相互作用提供了一种广泛适用的技术。
免疫学研究；免疫细胞，细胞间相互作用，体内，单细胞转录组；Sandra Nakandakari-Higa, Yuri Pritykin, Gabriel D. Victora; The Rockefeller University, Princeton University; USA.
2、空间转录组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中巨噬细胞的异质性和预后意义
Spatially-resolved transcriptomics reveal macrophage heterogeneity and prognostic significance in diffuse large B-cell lymphoma
Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-024-46220-z
内容概要：
① 巨噬细胞是弥漫大B细胞淋巴瘤（diffuse large B-cell lymphoma，DLBCL）微环境中丰富的免疫细胞。通过免疫组化进行的巨噬细胞估计显示了DLBCL研究中不同的预后意义，但没有提供对巨噬细胞亚型的全面分析。
② 该研究利用数字空间分析和CD68+细胞的全转录组分析，在反应性淋巴组织（reactive lymphoid tissues，RLT）和DLBCL的不同空间生态位中描述了巨噬细胞，揭示了RLT（亮区/暗区，生发中心/滤泡间）内巨噬细胞之间以及疾病状态（RLT/DLBCL）之间的转录组差异，并利用这些差异生成了六个空间衍生的巨噬细胞特征（MacroSigs）。
③ 通过在巨噬细胞和DLBCL scRNA-seq数据集中以及来自多个DLBCL队列的基因表达数据中查询这些MacroSigs，发现了特定的MacroSigs与DLBCL的细胞亚型和总生存率相关。
④ 总之，该研究提供了一个反应性和恶性淋巴组织中巨噬细胞的空间全转录组图谱，揭示了其生物学和临床意义。