大家好，欢迎观看《时空日报》第116期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计3篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、利用SpatialAnno对空间转录组学数据进行细胞和结构域类型的概率分配
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
Nucleic Acids Research; IF:14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad1023
内容概要：
① 介绍了一种新颖且高效的空间转录组学（spatially resolved transcriptomics SRT）数据注释方法—SpatialAnno，该方法通过有效地利用大量的非标记基因以及与标记基因有关的定性信息，解决了现有方法的局限性。
② SpatialAnno通过因子模型估计大量非标记基因的低维嵌入，同时通过Potts模型提高相邻点之间的空间平滑度。
③ 利用SpatialAnno处理来自多个不同平台的SRT数据，发现该方法提高了空间注释的准确性，包括其对不相关的细胞/结构域类型的标记基因的纳入和对不同程度的标记基因误定（misspecification）的稳健性。
生信工具；注释，标记基因，因子模型，细胞类型，结构域类型，空间转录组；Xingjie Shi, Yi Yang, Jin Liu; 华东师范大学，东南大学，香港中文大学（深圳）；中国.
2、脂肪组织炎症：将生理应激源与疾病易感性联系起来
Adipose tissue inflammation: Linking physiological stressors to disease susceptibility
Annual Review of Animal Biosciences; IF:12.000; DOI: 10.1146/annurev-animal-021122-113212
内容概要：
① 对脂肪组织（adipose tissue，AT）的研究正逐渐从白色脂肪向棕色和米色脂肪发展，如对血管周围AT这种较小的脂肪细胞的关键作用的研究，这些研究颠覆了传统对脂肪组织的认知，揭示了其复杂的细胞组成和调节作用。
② 单细胞转录组研究表明，脂肪细胞占白色AT细胞的50%以下，其余相当一部分是免疫细胞。改变AT驻留白细胞的功能可以影响代谢健康，甚至可以改变获得性免疫反应。
③ 目前的研究主要集中在肥胖，但脂肪分解、感染和热应激等因素会影响AT免疫动态，这些因素可能会提高动物的应激恢复能力，特别是在老年动物中。在啮齿类动物的这些研究结果或可为家畜研究提供借鉴，进一步推动动物福利和农业实践发展。
疾病研究；脂肪组织炎症，免疫，代谢，动态平衡，内分泌，Barry J Bradford, G Andres Contreras; Michigan State University; USA.
3、scRNA-seq揭示抗NMDAR脑炎患者的多种B细胞表型
Single-cell RNA sequencing reveals diverse B cell phenotypes in patients with anti-NMDAR encephalitis
Psychiatry and Clinical Neurosciences; IF:11.900; DOI: 10.1111/pcn.13627
内容概要：
① 抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎（anti-N-methyl-D-aspartate receptor encephalitis，NMDAR-E）是一种严重的自身免疫性疾病，以精神症状为特征，由针对NMDA受体的抗体引起。虽然这些抗体的作用已知，但对该疾病中B细胞表型的了解却很少。
② 该研究利用scRNA-seq等方法分析了NMDAR-E患者及其对照组的B细胞群，发现NMDAR-E患者脑脊液（cerebrospinal fluid，CSF）中的B细胞增加，尤其是记忆B细胞。
③ CSF B细胞表现出与免疫调节相关的基因表达改变，而外周B细胞表现出与抗原呈递相关的变化。NMDAR-E患者血液中特定的B细胞亚群（IgD- CD27- 双阴性B细胞）水平较高。这些双阴性B细胞可以分化为其他B细胞类型，并可能产生NR1-IgG抗体（NMDAR-E的致病因素）。
④ 该研究为探索NMDAR-E患者B细胞表型变化机制提供了重要见解，有助于开发NMDAR-E的靶向疗法，并提出了需要进一步研究来确认DN细胞在产生NR1-IgG中的作用。