文献晶体数据改进示例9(无序限制和溶剂建模)

案例来源:J. Am. Chem. Soc. 2023145, 21159−21164.

DOI:10.1021/jacs.3c06555

CCDC:2181309和2181310

         

图形用户界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下载:CCDC[3]官网

         

根据CCDC号从CCDC官网下到2181309.cif和2181310.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如图1–2所示,两个数据使用Solvent Mask[4]进行了溶剂遮掩处理,其中第一个结构中叔丁基做了二重无序处理,但很显然,其第二组分的键长不正常,CC单键键长最短的为1.23(3) Å,而最长的达到了1.77(2) Å,如图3所示,这显然是精修中没有对键长进行相应的限制。第二个结构,做了无序的叔丁基均较为正常,不过结构中明显存在无序的苯基未作无序处理。

         

         

去掉Use Solvent Mask复选勾,精修数轮后,如4–5所示,第一个结构中残余峰Q1、Q2和Q3经grow后形成一个六元环,而第二结构中残余峰Q1、Q2、Q3和Q4经grow后也形成一个六元环,再结合其单晶培养的溶剂为苯这一信息,推测该六元环应该是游离的溶剂苯。

         

根据上述分析,第一个数据用DFIX指令SADI指令对C-C键键长和1,3-距离进行限制,第二个数据对苯基进行无序拆分处理,两个数据均按苯对残余电子密度峰进行建模,最终结果如5–6所示。

         

视频操作演示请参阅:

         

结语

对于能够建模的溶剂分子,最好是应建尽建,除非溶剂无序太严重导致无法建模,否则尽量不要使用溶剂遮掩。使用溶剂遮掩虽然方便,并且绝大多数情况下能够使得数据指标变得漂亮,但这通常是逃避问题的自欺欺人,遇到较真的审稿人很可能会打回来让对溶剂进行建模,笔者就遇到不少让对溶剂进行建模的回稿意见。而对于无序拆分的组分,如果精修后键长不合理,应当进行适当的限制。

         

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 200942, 339–341.

[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELXActa Cryst. 2008A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXLActa Cryst2015C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019A75, 50–62.

[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016B72, 171–179.

[4] Rees, B.; Jenner, L.; Yusupov, M. Bulk-solvent correction in large macromolecular Structures. Acta Cryst. 2005D61, 1299−1301.

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