大家好，欢迎观看《时空日报》第48期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计8篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、SEL1L通过微调PERK信号和IL-15受体介导的mTORC1轴来维持CD8+ T细胞的存活和稳态
SEL1L preserves CD8+ T-cell survival and homeostasis by fine-tuning PERK signaling and the IL-15 receptor-mediated mTORC1 axis
Cellular and Molecular Immunology; IF:24.100; DOI: 10.1038/s41423-023-01078-x
内容概要：研究发现SEL1L缺失会导致成熟T细胞数量和频率的显著降低，尤其是影响了CD8+ T细胞的稳态。此外，SEL1L缺失还会导致mTORC1/c-MYC的激活和代谢转变，这主要是由于IL-15受体α和β链的过度表达。单细胞转录组学和生化分析进一步揭示了Sel1l-/- CD8+ T细胞存在过度的内质网应激，特别是PERK-ATF4-CHOP-Bim通路的异常激活。
2、TERT通过调节核糖体生物合成加速BRAF突变诱导的甲状腺癌去分化和进展
TERT accelerates BRAF mutant-induced thyroid cancer dedifferentiation and progression by regulating ribosome biogenesis
Science Advances; IF:13.600; DOI: 10.1126/sciadv.adg7125
内容概要：通过在小鼠甲状腺上皮细胞中特异性表达TERT和/或活性BRAF（BRAF V600E），发现TERT与BRAF V600E共同表达可导致甲状腺癌的恶性程度升高。空间转录组分析表明，TERT促进了核糖体生物合成，从而促进了癌细胞的去分化。此外，rRNA转录抑制剂CX-5461可以有效阻止癌细胞增殖并诱导其再分化。因此，核糖体抑制剂可能是治疗TERT活化的癌症的潜在策略。
3、单细胞测序揭示小鼠肝脏存在胎儿血管内皮干细胞样细胞
Single-cell sequencing reveals the existence of fetal vascular endothelial stem cell-like cells in mouse liver
Stem Cell Research and Therapy; IF:7.500; DOI: 10.1186/s13287-023-03460-y
内容概要：通过scRNA-seq技术，发现了小鼠肝脏中存在胎儿血管内皮干细胞（vascular endothelial stem cell，VESC）样细胞，这些细胞表达CD200，具有高增殖能力和形成集落的能力，且在出生1周后向表达CD157和CD200的成年VESC样细胞发展。该研究为肝内皮细胞发育提供了全面的图谱，并揭示了VESC样细胞的单细胞分化轨迹。
4、人类非造血性骨髓细胞的scRNA-seq揭示一组独特的原生间充质基质细胞种间保守生物标志物
Single-cell RNA sequencing of human non-hematopoietic bone marrow cells reveals a unique set of inter-species conserved biomarkers for native mesenchymal stromal cells
Stem Cell Research and Therapy; IF:7.500; DOI: 10.1186/s13287-023-03437-x
内容概要：通过scRNA-seq技术对人类非造血性骨髓（bone marrow，BM）细胞进行研究，确定了内皮细胞（endothelial cells，ECs）、壁细胞（endothelial cells，MCs）和间充质干/基质细胞（mesenchymal stem/stromal cells，MSCs）的特定生物标志物，并发现MSCs表现出脂肪生成的转录组模式，同时共同表达与造血支持和多细胞系定型潜力相关的基因。此外，还发现了MARCKS、CXCL12、PDGFRA和LEPR等基因，这些基因与脂肪生成因子一起成为BM内原生MSCs的典型生物标志物。
5、scRNA-seq鉴定老年鼠肝脏中的老化细胞相关基因
Single-cell RNA sequencing to detect age-associated genes that identify senescent cells in the liver of aged mice
Scientific Reports; IF:4.600; DOI: 10.1038/s41598-023-41352-6
内容概要：通过scRNA-seq技术筛选并确认了老年大鼠肝脏中的衰老细胞的标记基因，即“年龄相关基因”：Glipr1、Clec12a和Phlda3。此外，通过应激诱导的早衰模型，发现Glipr1和Phlda3的mRNA表达水平在年轻鼠的肝脏中也有所增加。
6、单细胞结合bulk RNA数据揭示与乳腺癌患者相关的血管生成模式：个体化医学
Single-cell combined with bulk-RNA data reveal a pattern related to angiogenesis in breast cancer patients: Individualized medicine
Environmental Toxicology; IF:4.500; DOI: 10.1002/tox.23947
内容概要：研究利用RNAseq数据和患者生存数据，结合scRNA-seq信息，探究了与乳腺癌患者血管生成相关的基因模式，并构建了预测模型。通过GO和基因集富集分析，发现不同基因集在两个预定义的簇之间存在细胞遗传学功能差异。通过单样本基因集富集分析和xCell算法计算免疫浸润得分，使用“oncoPredict”软件计算意识得分，预测患者的治疗效果，为乳腺癌患者提供了个性化治疗方案。
7、结合bulk和scRNA-seq数据并基于综合机器学习框架开发的NK细胞相关的肝细胞癌预后特征
Combining bulk and single-cell RNA-sequencing data to develop an NK cell-related prognostic signature for hepatocellular carcinoma based on an integrated machine learning framework
European Journal of Medical Research; IF:4.200; DOI: 10.1186/s40001-023-01300-6
内容概要：研究利用scRNA-seq数据以及LASSO和CoxBoost算法，建立了基于NK细胞相关基因的预后特征，用于预测肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者的预后和免疫治疗反应。研究发现，该特征在TCGA、GEO和ICGC队列中表现出良好的预测性能和中高的预测准确性，并且是HCC患者预后的独立危险因素。
8、多组学分析鉴定宫颈癌低氧亚型并发现S100A2是免疫抑制因子
Multi-omics analysis identifies hypoxia subtypes and S100A2 as an immunosuppressive factor in cervical cancer
Reproductive Sciences; IF:2.900; DOI: 10.1007/s43032-023-01304-x
内容概要：使用多组学分析方法，基于已知的缺氧相关基因，鉴定了宫颈癌样本中的三种缺氧亚型，并发现它们在生存时间、基因组学和免疫学特征上存在显著差异。通过主成分分析，建立了缺氧评分系统，该评分系统是一种有效的预后生物标志物，并与免疫治疗反应相关。此外，通过scRNA-seq，发现S100A2是一种由缺氧诱导的免疫抑制因子，可以调节PD-L1的表达，并促进宫颈癌细胞的增殖和迁移。