大家好，欢迎观看《时空日报》第30期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计16篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、烯醇化酶是控制肝炎病毒特异性CD8+T细胞差异衰竭程序的代谢检查点
Enolase represents a metabolic checkpoint controlling the differential exhaustion programmes of hepatitis virus-specific CD8+T cells
Gut; IF: 24.500; DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328734
内容概要：采用scRNA-seq分析HBV复制小鼠急性和慢性感染体内模型中肝内病毒特异性CD8+T细胞，发现HBV和HCV特异性CD8+T细胞的代谢状态与其耗竭状态密切相关，而不是与感染病因相关。该研究还发现，耗竭T细胞中的烯醇酶是代谢检查点，代谢旁路可以改善糖酵解和T细胞效应功能。
2、scRNA-seq揭示人类食管失弛缓症中免疫细胞的疾病特异性变化
A single-cell transcriptional landscape of immune cells shows disease-specific changes of T cell and macrophage populations in human achalasia
Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39750-5
内容概要：使用scRNA-seq分析食管失弛缓症（achalasia）患者和对照组的下食管括约肌（lower esophageal sphincter, LES）组织和血液样本中免疫细胞的转录谱，发现在食管失弛缓症患者中，免疫细胞数量增加，特别是在LES组织中，存在特定的转录表型，揭示食管失弛缓症患者的免疫细胞转录谱，并确定了C1QC巨噬细胞和T细胞作为与该疾病相关的免疫细胞亚群。
3、ARID1A缺失导致的异常染色质重塑导致海马齿状回畸形
Abnormal chromatin remodeling caused by ARID1A deletion leads to malformation of the dentate gyrus
Cell Death and Differentiation; IF: 12.400; DOI: 10.1038/s41418-023-01199-w
内容概要：通过构建Arid1a条件性敲除小鼠，发现Arid1a在小鼠前脑的缺失显著降低了神经干/祖细胞在齿状回中的增殖和分化为神经元的能力，增加了围生期和生后凋亡，导致海马体积减小。该研究结果证明了Arid1a在海马发育中的关键作用，并可能为智力障碍（如Coffin-Siris综合症）的遗传基础提供新见解。
4、scRNA-seq揭示与淋巴瘤患者II期研究中CAR-T细胞反应相关的细胞内功能
Single-cell RNA analysis reveals cell-intrinsic functions of CAR-T cells correlating with response in a phase II study of lymphoma patients
Clinical Cancer Research; IF: 11.500; DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-23-0178
内容概要：通过scRNA-seq分析CAR-T细胞治疗中影响治疗效果的因素，发现具有高多功能性、高细胞毒性和细胞因子产生水平，以及低功能失调标志的效应型CD8+CAR-T细胞与临床反应相关。此外，CAR-T细胞制备过程中的扩增时间延长会对细胞输注产品中效应型CD8+CAR-T细胞的比例产生负面影响。
5、空间肿瘤基因特征可区分结肠癌中的肿瘤和非肿瘤部位以揭示复发的预测性生物标志物
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
Journal of Translational Medicine；IF: 8.400; DOI: 10.1186/s12967-023-04384-0
内容概要：通过一种名为原位测序的空间转录组学技术研究II期结肠癌患者的空间组织成分，发现了一个肿瘤基因特征，可以根据空间表达模式将组织划分为肿瘤和非肿瘤部分。深度空间原位测序有助于更深入地了解导致疾病复发的潜在机制，并揭示II期结肠癌患者疾病复发的新型潜在预测生物标志物。
6、转录组关联研究衍生基因作为2型糖尿病潜在的腹部脂肪组织特异性靶点
Transcriptome-wide association study-derived genes as potential visceral adipose tissue-specific targets for type 2 diabetes
Diabetologia; IF: 8.200; DOI: 10.1007/s00125-023-05978-5
内容概要：该研究评估了内脏肥胖与2型糖尿病之间的因果关系，并筛选内脏脂肪组织（visceral adipose tissue，VAT）特异性的2型糖尿病靶点，发现10个VAT特异性候选基因与2型糖尿病相关，其中5个因果基因得到SMR和共定位的支持。功能敲除实验表明，Pabpc4可能有助于调节3T3-L1脂肪细胞的分化和能量代谢。
7、单细胞轨迹分析揭示CD9阳性状态有助于从干细胞样和胚胎停滞状态退出并过渡到耐药状态
Single-cell trajectory analysis reveals a CD9 positive state to contribute to exit from stem cell-like and embryonic diapause states and transit to drug-resistant states
Cell Death Discovery; IF: 7.100; DOI: 10.1038/s41420-023-01586-9
内容概要：应用单细胞轨迹分析，发现CD9正态对于从干细胞样和胚胎停滞状态转变为耐药状态具有贡献。细胞状态的转变与JQ1 bromo- and extra-terminal domain (BET) inhibitors (BETi)的耐药性有关；进入转变细胞状态的特征是CD9 tetraspanin的表达升高。CD9的敲除或阻断使SUM149对JQ1敏感，限制了细胞转变为耐药状态。因此，CD9可能是从干细胞样状态转变为耐药状态的关键，值得在基底样乳腺癌中作为治疗靶点进行探索。
8、低甲基化剂联合尼伏单抗治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病II期试验-免疫特征与疗效相关
Phase II trial of hypomethylating agent combined with nivolumab for acute myeloid leukaemia relapse after allogeneic haematopoietic cell transplantation-immune signature correlates with response
British Journal of Haematology; IF: 6.500; DOI: 10.1111/bjh.19007
内容概要：应用免疫检查点抑制剂和低甲基化剂治疗移植后急性髓系白血病（acute myeloid leukaemia，AML），发现该治疗方案在选定的患者中诱导了抗AML免疫反应，并可作为第二次移植的过渡方案。scRNA-seq分析揭示了治疗反应者中T和髓系细胞表达谱的炎症重构。
9、使用自剪切核酶的Ribo-On和Ribo-Off工具允许在秀丽隐杆线虫中操作内源基因表达
Ribo-On and Ribo-Off tools using a self-cleaving ribozyme allow manipulation of endogenous gene expression in C. elegans
Communications Biology; IF: 5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05184-4
内容概要：使用CRISPR/Cas9技术将T3H38核酶的63bp编码序列插入秀丽隐杆线虫（C. elegans）内源基因的3′ UTR，从而实现了内源基因表达的有效操纵。通过插入loxP-环绕的转录终止信号和核酶的卡式，可以通过可控的Cre重组酶表达在空间或时间上消除基因表达，从而实现条件性基因敲除。同时，注射morpholino或使用Cre重组酶去除loxP-环绕的核酶可以实现条件性内源基因开启。这些基于核酶的工具可以有效地操纵内源基因的表达，扩展了研究内源基因功能的工具箱。
10、转座子元件通过RIG-I介导的病毒感应途径增强放射治疗诱导的细胞免疫反应
Transposable elements potentiate radiotherapy-induced cellular immune reactions via RIG-I-mediated virus-sensing pathways
Communications Biology；IF: 5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05080-x
内容概要：联合scRNA-seq和空间转录组研究放射治疗与免疫治疗相结合的疗效及其分子机制，发现RNA病毒感应途径在非小细胞肺癌和食管鳞状细胞癌细胞系中主导细胞免疫反应，揭示了放射治疗诱导LTRs的表达以及RNA病毒感应途径在免疫细胞和癌细胞中的作用，该途径还发现可以促使肿瘤转化为免疫热状态。
11、ProtoCell4P: 一种基于原型的可解释的神经网络，用于使用scRNA-seq分析进行患者分类
ProtoCell4P: An explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq
Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad493
内容概要：提出了一种基于原型和细胞知识的模型ProtoCell4P，可以有效地处理单细胞数据的患者表型分类，并优于现有方法。该模型可以通过代表细胞的原型来缓解样本稀缺和细胞数量多样性的问题，并通过自适应地整合不同细胞的信息来精确分类患者。此外，该方法能够从数据驱动的角度揭示细胞类型与感兴趣的生物类别之间的关联。
12、scRNA-seq揭示银屑病中IL-14、IL-18和IL-32的显著表达
Single-cell transcriptomics reveals prominent expression of IL-14, IL-18 and IL-32 in psoriasis
European Journal of Immunology; IF: 5.400; DOI: 10.1002/eji.202250354
内容概要：使用scRNA-seq分析8名牛皮癣患者的皮肤病变，鉴定了多种免疫细胞和非免疫细胞群体，发现角质细胞、T辅助细胞、树突状细胞、巨噬细胞和成纤维细胞等细胞类型具有特定的细胞因子模式。除已知的因子外，还发现了IL-14、IL-18和IL-32在牛皮癣中表达显著，这些因子在牛皮癣发病机制中发挥了重要作用。
13、基于scRNA-seq的亚群鉴定分析揭示心脏Lin-KIT+细胞的异质性
Uncovering the heterogeneity of cardiac Lin-KIT+ cells: A scRNA-seq study on the identification of subpopulations
Stem Cells; IF: 5.200; DOI: 10.1093/stmcls/sxad057
内容概要：通过scRNA-seq对小鼠心脏来源的细胞进行分析，发现三种主要的KIT细胞亚群：KIT1、KIT2和KIT3，其中KIT1是心脏内皮细胞，KIT2表达转录因子和调节血管生成细胞因子的基因，KIT3表达心脏转录因子和间充质细胞标记物。这些发现有助于深入了解KIT细胞的异质性和发挥其修复潜力的机制。
14、基于转录因子过表达的人类胚胎干细胞向内皮细胞系统的scRNA-seq分析
Single-cell RNA-seq analysis of a human embryonic stem cell to endothelial cell system based on transcription factor overexpression
Stem Cell Reviews and Reports; IF: 4.800; DOI: 10.1007/s12015-023-10598-y
内容概要：使用scRNA-seq，以高效的人类胚胎干细胞-内皮细胞系FLI1-PKC为研究模型，发现FLI1-PKC诱导系统可以定向分化hESCs为具有所有必要功能的成熟内皮细胞，而且与其他诱导方案相比，FLI1-PKC方法的转录组保持不变，可能是由于激活的转录因子数量增加导致的。
15、S100A7高表达的新型代谢亚型代表膀胱癌的预后不良和免疫抑制肿瘤微环境
A novel metabolic subtype with S100A7 high expression represents poor prognosis and immuno-suppressive tumor microenvironment in bladder cancer
BMC Cancer；IF: 3.800; DOI: 10.1186/s12885-023-11182-w
内容概要：通过分析TCGA数据库中的膀胱癌患者数据，将膀胱癌患者分为两种代谢相关亚型（metabolic-related subtypes，MRSs），具有不同的特征和预后，并发现高表达S100A7的代谢亚型具有免疫抑制的肿瘤微环境，预示着免疫治疗的良好疗效。通过对63例膀胱癌和16例癌旁组织样本的临床队列验证，S100A7与不良预后和PD-L1表达增强显著相关。这项研究为膀胱癌的代谢异质性在预后和治疗价值方面提供了新见解。
16、电离辐射引起的皮肤组织中胆汁酸代谢的改变：脱氧胆酸为放射性皮肤损伤的新型治疗方法
Altered bile acid metabolism in skin tissues in response to ionizing radiation: deoxycholic acid (DCA) as a novel treatment for radiogenic skin injury
International Journal of Radiation Biology; IF: 2.600; DOI: 10.1080/09553002.2023.2245461
内容概要：利用scRNA-seq等技术，研究放射性皮肤损伤期间胆汁酸及其衍生物的代谢情况，发现胆汁酸合成中的关键酶基因在皮肤成纤维细胞或角质细胞中发生了显著变化。大鼠放射性皮肤损伤模型中，发现脱氧胆酸（deoxycholic acid，DCA）促进伤口愈合并减轻表皮增生。因此，DCA是治疗放射性皮肤损伤的潜在治疗药物。
《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。