大家好，欢迎观看《时空日报》第21期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、人类肾上腺皮质发育的综合单细胞分析
An integrated single-cell analysis of human adrenal cortex development
JCI Insight; IF: 8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.168177
内容概要：通过单细胞和bulk RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学和微聚焦计算机断层扫描等方法，研究人类肾上腺在妊娠前20周的关键发育过程，揭示了人类肾上腺发育的各个方面，并对理解原发性肾上腺功能不全和相关的产后肾上腺疾病（如肾上腺肿瘤发展、类固醇疾病和新生儿应激）具有临床意义。
2、人类视网膜线粒体疾病中非随机异质性分布的多模态单细胞分析
Multimodal single-cell analysis of nonrandom heteroplasmy distribution in human retinal mitochondrial disease
JCI Insight; IF: 8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.165937
内容概要：通过scRNA-seq、线粒体scATAC-seq和多模式单细胞测序等方法，发现线粒体基因组中的突变体在不同细胞和组织中的分布不均匀，且不同细胞类型对突变体的敏感程度不同。同时，高比例的突变体与细胞的转录和形态异常有关。这些发现揭示了线粒体疾病中线粒体变异分布的非随机性，并强调了其对线粒体疾病发病机制和治疗的影响。
3、用于表征与人类脂肪细胞代谢紊乱相关候选基因的单细胞CRISPRi平台
A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes
American Journal of Physiology. Cell Physiologyh; IF: 5.500; DOI: 10.1152/ajpcell.00148.2023
内容概要：介绍了一种基于CRISPRi技术和scRNA-seq的CROP-Seq平台，可用于研究脂肪细胞的生物学和脂肪生成过程。通过对人类前脂肪细胞SGBS细胞系进行sgRNA文库转染，结合微流控技术捕获不同时间点的单个细胞，进行转录组数据的生物信息学分析，确定基因敲除效应和通路调控，预测细胞表型。该平台方法可以鉴定与代谢性疾病相关的脂肪生成调控因子和细胞功能。
4、基于图学习的多视角聚类算法用于scRNA-seq数据
Multi-view clustering with graph learning for scRNA-seq data
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics; IF: 4.500; DOI: 10.1109/TCBB.2023.3298334
内容概要：提出了一种用于scRNA-seq数据的多视角聚类与图学习算法（MCGL），该方法通过构建多个特征空间和利用多视角学习来全面地表征来自不同角度的scRNA-seq数据。MCGL通过自适应学习细胞相似性图，克服了对固定相似性的依赖，将scRNA-seq分析转化为多视角聚类分析；在多视角学习中将细胞网络分解为视图特定和公共网络，更好地表征了细胞的拓扑关系；同时利用多种类型的细胞-细胞网络，并通过网络之间的互补性充分利用细胞之间的连接关系，以提高聚类性能。
5、不同严重程度的COVID-19：从bulk到单细胞表达数据分析
COVID-19 of differing severity: from bulk to single-cell expression data analysis
Cell Cycle; IF: 4.300; DOI: 10.1080/15384101.2023.2239620
内容概要：通过对GSE164805数据集的分析，使用WGCNA方法鉴定了轻症COVID-19和重症COVID-19的关键模块，并构建了蛋白质相互作用网络，发现了16个轻症COVID-19和10个重症COVID-19的关键基因。进一步预测了上游转录因子和激酶，并发现了许多免疫细胞的浸润程度在轻症和重症COVID-19样本之间存在显著差异。预测的蛋白质靶向药物中，得分最高的几乎都属于天然或合成的糖皮质激素。此外，该研究探索了mCOVID-19/sCOVID-19的关键基因在每种细胞类型中的表达分布，并发现了一些细胞特异性的基因。
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