DNA文库构建的关键酶!一文教你快速上手TA克隆连接

TA克隆连接接头法是目前NGS文库构建流程中DNA文库的主要方法之一。TA克隆连接接头法主要包括以下流程。

01DNA的片段化

DNA片段化的经典方法之一是使用超声设备对DNA进行物理打断。机械打断DNA的方法均匀性好,但是对DNA样本的损伤较大,且通量较低,仪器和耗材的成本也较高。

另一种打断DNA的方法是使用片段化酶对DNA进行均匀的打断。这种打断无需特殊设备,使用方法简单且通量较高,是目前热门的DNA片段化方式。


爱博泰克(ABclonal ) 提供DNA
Frag Module(Cat.No.RK20260),这种片段化模块可以通过控制反应时间来达到不同的片段化效果。

图1.
Human Blood gDNA使用DNA
Frag Module打断不同时间后的文库构建片段大小

02末端修复与加A

通过物理或酶切的方式将提取好的DNA片段化后,这些DNA片段仍不可以进行接头连接步骤,原因在于:打断过程产生的DNA片段,有的是平末端,有些是粘性末端,且其末端不一定存在磷酸基团或者羟基基团。

平末端经过加A步骤后就可以与带有突出T的接头进行连接了,而粘性末端,还需要补齐后才可以进行加A。


爱博泰克(ABclonal )可以提供末端修复和加A过程中所需要的一系列原料酶,例如Klenow片段化酶(Cat.No.RK20525)、Taq
DNA聚合酶(Cat.No.RK20600)
等。

图2.末端修复与加A的流程

03TA接头连接

经过片段化、末端修复与加A步骤后,DNA片段的结构变成了3’端带有A尾的结构。以常见的Y型接头示意,Y型接头的互补3’端带有突出的T,DNA片段与接头在DNA连接酶的作用下,通过TA克隆方式完成连接。爱博泰克(ABclonal )可提供这一步的关键酶——T4
DNA连接酶(Cat.No.RK21500)。

图3.常规Y型接头示意图

04PCR扩增

在完成接头连接后,如果Y型接头是带有Index的完整型长接头,且文库产量满足上机测序需求的情况下,可以不进行文库扩增;如果使用的是不带有Index的截短型接头,还需要使用带有Index序列的Primer对文库进行富集,才可以进行后续的上机测序步骤。


爱博泰克(ABclonal )可以提供多种NGS场景使用的PCR
Mix,欢迎咨询、试用和购买。

图4.全长型接头与截短型接头引入Index的方式

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ABclonal

公司简介

爱博泰克生物科技有限公司(ABclonal Technology Co.,Ltd.)成立于2011年,作为生命科学解决方案的提供商,旨在为更多的科研工作者、IVD企业、新技术开发企业提供抗体、酶、NGS产品和蛋白制品等全套解决方案。

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