cfDNA/ctDNA的甲基化检测越来越受到国内外多家癌症早筛公司的青睐。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化图谱分析的金标准，但重亚硫酸盐的化学反应会破坏和降解DNA，导致DNA断裂和丢失，不适合在珍稀样品（如cfDNA/ctDNA）中应用。
此外，重亚硫酸盐文库表现出明显的GC偏嗜性，并在甲基化区域尤为显著。为了克服这些局限性，人们开始关注酶法转化的方法。
ABclonal作为酶原料公司，设计优化蛋白酶的生产工艺，推出了关键酶原料—TET2, T4-BGT和APOBEC，为微量样本DNA甲基化研究提供了有利的酶工具。
TET2酶功能介绍
DNA去甲基化酶——DNA dioxidase（双加氧酶）TET家族蛋白自2009年发现以来，一直是表观遗传学领域最热门的明星蛋白之一，主要包括TET1/2/3。
TET蛋白催化活性依赖于Fe2+，搭配TET2 Reaction Buffer和Enhancer，可以快速高效地氧化DNA中的5mC和5hmC，即 5-甲基胞嘧啶（5mC）→5-羟甲基胞嘧啶（5hmC) →5-甲酰胞嘧啶（5fC）→5-羧基胞嘧啶 (5caC)，是DNA去甲基化过程中的一种重要的酶，对于维持干细胞的多能性有重要作用。
T4-BGT酶功能介绍
T4噬菌体β-葡糖基转移酶 (T4-BGT) 具有很高的糖基转移酶活性。搭配Reaction Buffer和Enhancer，可以快速完整地将尿苷二磷酸葡萄糖（UDP-葡萄糖）的葡萄糖基团转移至双链 DNA 中的5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmC) 基团上，形成β-葡糖基-5-羟甲基胞嘧啶(5-ghmC)，协助进行5-hmC的检测与分析。
APOBEC酶介绍
胞嘧啶脱氨酶（APOBEC）具有很高的脱氨活性，在配套反应体系中可以高效完整地进行单个核苷酸C到U的转化，协助进行甲基化分析。
酶法转化应用场景
酶法转化优势
TET2、T4-BGT、APOBEC是甲基化研究的工具酶，应用于NGS甲基化检测、甲基化PCR和甲基化qPCR等领域。
与传统的重亚硫酸盐法处理相比，温和的酶处理对DNA的损伤较少，能够最大程度上保持DNA的完整性，获得更好的测序质量，在FFPE DNA、cfDNA以及其他低质量或微量DNA样本的甲基化处理中，具有很大优势。
应用案例
使用ABclonal的酶原料与试剂，对100ng Human blood gDNA样本，并添加Unmethylated Lambda DNA 和 CpG-methylated pUC19两种内参，分别进行BS转化与酶法转化，然后统一采用RK20220 ABclonal Scale Methyl-DNA Lib Prep Kit for Illumina单链建库测序方式，评估甲基化转化方法的转化效率和文库质量。
数据展示：
1、TET2酶的功能验证数据
使用ABclonal TET2 原料甲基化建库，文库产量高，文库插入片段大，明显优于BS方法；
ABclonal TET2酶原料与试剂，在Unmethylated Lambda DNA内参转化率均在99%以上，在CpG methylated pUC19内参氧化效率在99%以上；
2、T4-BGT的功能验证
使用ABclonal T4-BGT 原料甲基化建库，文库产量高，文库插入片段大，明显优于BS方法；
ABclonal T4-BGT进行酶法转化构建的文库，在1% Unmethylated Lambda DNA 内参及0.1% CpG methylated pUC19 内参的转化效率均达到预期要求。
3、APOBEC的功能鉴定
ABclonal APOBEC进行酶法转化构建的文库，在建库产量，下机数据，1% Unmethylated Lambda DNA 内参的转化效率达到预期要求。
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