学术不端检测系统虽然在不断改造升级自身的检测功能，但受技术条件、文献资料等限制，难免存在缺陷，有其局限性和检测盲区。
一、同一检测系统的局限性
（１）对比源数据滞后性。从投稿到出版存在时间“盲区”，对比源数据存在滞后性，论文检测时间不同，检测结果也可能不同。若对比数据库尚未收录相关论文，则检测系统无法检测出论文的学术不端问题。
（２）检测有盲区和漏洞。只能检测“善意”的文字重复（不变动原文字的重复），无法检测隐性的抄袭剽窃（对文字等重组排列，改变表述方式；将文字等改为图表形式；将外文翻译为中文）、思想性抄袭等。
（３）可定量但不能定性。文字复制比与抄袭度一般呈正相关，但并非绝对，如部分进行合理引用、引证的论文文字复制比偏高。
（４）极易将常用名言警句、专有名词、固定词组等误判为抄袭。
（５）对同一论文的不同电子保存格式检测结果不同，如ＰＤＦ 文档与Ｗｏｒｄ 文档格式的论文在同一检测系统中的检测结果有差异。
（６）参考文献的引用格式不规范，会使检测系统无法正确比对相应文字而出现漏检现象，产生不正确的检测结果。
（７）检测方式机械，不能智能判断学术水平。文字复制比为０的论文可能存在刻意规避检测的隐性学术不端问题，文字复制比超过3０％的论文也有可能具有较高的学术价值。
二、不同检测系统的局限性
不同检测系统产生差异较大的检测结果，往往与对比数据库的数据完整性有关，对比源数据不同，检测结果也不同。
正因为不同检测系统的对比数据库范围有所不同，检测的文字复制比差异可能较大。
不同开发商使用的检测技术不同，提供的服务项目类型也不尽相同。
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