我作为一个金属有机化学(侧重于配合物结构)工作者,使用频率较高的操作就是单晶解析、绘图、核磁解析和文档编辑。目前,这些操作都是使用ThinkPad T470完成的。因为Windows系统占据了pc市场的大部分份额,有着良好的软件支撑我开展这些工作。但是我还有一台mac os系统的笔记本,我一直尝试完全使用它来办公,不希望T的辅助。Topspin(免费)和MestReNova的Mac OS版本(我在使用的)可以实现核磁解析,ChemDraw可以有效解决投稿绘图问题,文档编辑可以使用自带三件套或者WPS,绘图还可以使用Photoshop辅助。但是,单晶解析软件无法解决。虽然Olex2有Mac OS版本,但我不能适应它自带的还原和精修包,更倾向于使用shelx套件。虽然在Youtube上见过别人使用Olex2-mac(Olex2 Mac OS版本,下同)解单晶,但是国内还没有找到相关的资源。经过一段时间的学习,现在终于可以在我的Macbook Pro上使用Olex2解单晶了。这样就可以用它在starbucks装杯啦(续航是个问题,使用Olex2的话)。
写在教程开始之前:
以下几个链接提供了非常重要的指导和信息,在这里向作者表达谢意。
[1] Chem with Mac (https://mitsudo.net/en/mac-homebrew/), Prof. K. Mitsudo group:Homebrew的安装和可执行软件的生成,也是本文主要的参考
[2] ,感谢up主提供的信息:国内安装链接
[3] gFortran的安装(https://www.zhihu.com/question/26534875),感谢知乎层主“叶则于”:可能是因为版本的问题,K.M.教授关于gfortran编译的部分在我的Ventura中不适用,我的探索也主要是卡在这一步。层主的回答解决了这个问题,才让这篇文章得以面世
好吧,开始吧!
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*******让Olex-mac实现shelx和palton的功能,主要难点在于让这两个套件编译为mac os能够识别的可执行文件并放在合理的路径********
第一步:Homebrew remote installation
参考[1]“Mac with Homebrew for Organic Chemists”,使用terminal(终端)、用[2]中的链接
“
/bin/zsh -c “$(curl -fsSL https://gitee.com/cunkai/HomebrewCN/raw/master/Homebrew.sh)”
”
安装homebrew,包括brew-core和brew-cask。
这个时候可以根据[3]的链接下载gfortran并安装。
homebrew安装完成,按照“Mac with Homebrew for Organic Chemists”中的介绍,在terminal完成iterm2和他的主要程序以及XQuartz的安装。(未在这里提及的程序对olex的使用不会有影响,请自行决定是否安装)(mac ventura已经采用zsh shell,本节关于zsh的设置可以忽略)
注意:
1. 复制代码时,记得删除最前面的 $ 符号。
2. 复制代码时,记得删除最前面的 $ 符号。
3. 复制代码时,记得删除最前面的 $ 符号。
这样准备工作就完成了。
第二部:可执行文件的生成
参考[1]“Building a Crystal Structure Analysis Environment on a Mac”,使用terminal或者iterm2生成可执行文件并放置在合适的路径。
shelx的生成相当容易,按照教程操作就可以。
Platon的安装的难点在于该教程关于“gfortran”的表述不适用我的版本。根据[3]安装成功“gfortran”,可以跳过该教程中关于“gcc”的操作,直接进入下一步对platon进行编译(使用教程中相同的代码)。
教程中关于不同版本的代码改变不适用ventura;platon和check.def复制到路径后,无需按照教程对Platon设置。
教程中关于不同版本的代码改变不适用ventura;platon和check.def复制到路径后,无需按照教程对Platon设置。
教程中关于不同版本的代码改变不适用ventura;platon和check.def复制到路径后,无需按照教程对Platon设置。
第三步:安装olex-mac并设置路径
按照教程,安装olex-mac并设置路径就可以正常使用了。