每个研究生同学都知道读文献的重要性，可文献学习，究竟学什么？如何学以致用？如何借鉴并用来找到自己的研究方向？这些问题相信是绝大部分同学都迷惑的。
本篇，以一个实例为大家展示如何通过文献学习，利用文献中的数据找到自己研究方向。
本文是本月初刚发表在Cancer Discovery（IF=38.27）上的一篇文章，本文作者利用其它文献中的单细胞测序数据，再结合公共数据分析，找到了其课题切入点，并深入研究，最终成功发表。关于这篇文章的整体内容不在此文详述，这里主要介绍他们的思路—利用文献中的单细胞数据，结合公共数据分析，找到自己课题切入点。首先需要知道，一个好课题的确立，需要结合文献背景+前期表型结果+数据分析，能够将这三者统一起来的研究假说，就可以进行立题！按照以上思路，我们看本研究怎么逐步立题的：
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文献背景：本研究前期通过文献研究发现，胰腺癌肿瘤组织中神经浸润明显，且神经浸润与不良预后显著相关，并且神经浸润周围有显著增多的神经胶质细胞（本文是施旺细胞）；
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前期表型结果：本研究在前期体外细胞实验发现，神经胶质细胞（本文是施旺细胞）可以促进胰腺癌肿瘤的扩散；
基于以上两点，可以提出初步科学假设，即胰腺癌肿瘤组织中，神经胶质细胞（本文是施旺细胞）可能促进肿瘤细胞的转移。
为了进一步增加该科学假说的可靠性，达到可以立题的程度，就需要结合第三点，也就是数据分析。
此时，本研究便通过查找文献，利用其他人已发表单细胞数据，找到了神经胶质细胞（本文是施旺细胞）单细胞数据中的marker基因集合，也就是用来定义施旺细胞及其几个亚群的基因集合（可称之为signature）。拿到了施旺细胞的signature，接着就可以利用单细胞获得的这个signature，在TCGA的bulk RNA-seq数据中，对胰腺癌每个病人打分（score），通过score就可以将病人分为高低两组，然后进行生存分析，确定了施旺细胞越多，胰腺癌病人预后越差。
至此，以上三方面（文献背景+前期表型结果+数据分析）结果实现了相互支持统一，可以立题！确定科学假说：施旺细胞通过促进胰腺癌转移！确定了基本科学假说后，为了进一步推断施旺细胞如何促进胰腺癌转移，作者将施旺细胞和胰腺癌细胞进行共培养，然后对共培养后的施旺细胞进行RNA-seq，通路富集分析提示施旺细胞富集最显著的是轴突形成通路。
于是，科学假说进一步完善：施旺细胞通过形成轴突促进胰腺癌转移！后续整篇文章便围绕证实以上科学假说设计实验，拿到支持结果，最终实现文章整体完成！
小结
本文利用已发表单细胞数据获取定义特定细胞类型的signature，然后在bulk测序数据中进行打分，根据打分可以进行生存分析、差异基因分析及通路富集分析，评估特定细胞类型与疾病表型之间的关系！这一研究思路非常值得借鉴！在当前单细胞数据如此丰富的情况下，只要我们能够花足够的时间，进行文献整理，筛选出一些和疾病表型高度相关的细胞类型，然后利用单细胞数据获取该细胞及其亚型的marker基因（signature），然后结合bulk数据分析，就可以有效筛选出在疾病中可能发挥作用的细胞亚群，再结合初步细胞表型实验进行确证，即可确定科学假说，找到自己的研究方向。