学术论文在发表过程中涉及的伦理问题，主要是出版伦理和作者学术责任伦理两个方面。
1.学术期刊出版伦理
学术期刊出版伦理，是指学术期刊在编辑出版过程中各主体应遵循的道德规范和行为准则，包含学术期刊特有的学术出版价值理念、伦理意识和道德规范。
在社会利益和经济利益冲突下，部分学术期刊出版主体牺牲学术使命，摒弃办刊特色，抛弃出版人尊严，盲目依据世俗要求实施出版行为，甚至不惜以社会效益换取经济利益。随着中国出版业的快速发展，学术期刊出版数量呈井喷式增长，而学术出版能力和学术质量并非呈正比例增长。学术出版整体质量下滑，低水平论文、论文抄袭或剽窃等各种有悖学术出版伦理的现象频出。这些乱象折射出学术出版主体人文精神的缺失，反映出知识生产和传播价值链条的变异。
2.作者学术责任伦理
在数字技术和现行学术评价体系的影响下，良好的学术生态被破坏，诚信的学术精神和情感被功利主义所替代。从作者角度看，学术腐败现象频现，“严谨的学术精神被‘快餐式’和‘黏贴复制式’写作侵蚀殆尽”。有的作者学术态度不够端正，缺乏深厚的学术积淀和较强的研究能力，因而剽窃、抄袭、拼凑论文现象屡有发生。作者学术精神缺失和学术腐败行为造成对自身、编者、读者多方的不公平和欺骗性。除了作者本人自身素质不过硬之外，行政能力的过度介人、责任界定模糊也使得学术责任伦理难以贯彻。
3.消解伦理困境之道
提升主体、构建完善伦理教育模式。提升作者的学术道德境界，培养学术自觉，将学术看作一种精神“志业”。持有这种学术精神，学术人可以规避以权谋私、仰仗某些权力僭越学术伦理规范、偏离学术自身运行逻辑等学术越轨、不端行为。提高出版人员职业素养，重构专业精神。另外，读者的需求是出版的动力。读者的境界决定了出版的质量，出版的质量又制约读者能否提高修养，两者是相互促进、相辅相成的关系。读者并非是学术出版物的被动接受者和单纯的服务对象，也是一个主动的介入者和参与者，这是出版过程中必不可少的重要一环。
制度制约、环境优化等外界因素不可或缺。构建自律、他律相结合的学术出版伦理规范体系；增加技术协助，从技术层面防范并约束作者的学术不端行为；构建学术至上的学术出版伦理生态系统。通过人、环境、技术、制度等合力作用，塑造学术论文发表过程中的伦理之道。